Гуансюй отдавал себе отчет в том, что без поддержки тетки ему будет трудно править страной. Но он также понимал, что она никогда не согласится на реформы, которые он хотел бы провести. Император решил арестовать свою тетку, но его замысел был раскрыт. Цыси действовала решительно: она заставила горе-заговорщика отречься от престола и заточила его на одном из островов, где он жил под охраной евнухов бедно и уединенно, так как его личные слуги были уничтожены. Многие придворные были уверены, что Гуансюя ждет судьба Тунчжи и его жены, но Цыси сохранила племяннику жизнь.
Шесть участников императорского заговора были арестованы и казнены. Потом Цыси переключилась на иностранных миссионеров. По всему Китаю ей виделось присутствие коварных пришельцев, готовящих вторжение в страну. В ноябре 1899 г. она издала декрет, который не оставлял никаких сомнений — она не желала терпеть «чужеземных дьяволов». Этот декрет стал знаменем многих китайских консерваторов, боровшихся за сохранение национальных традиций и объединившихся в тайное общество под названием «Кулак во имя справедливости и согласия». Его члены были прозваны «боксерами» за ловкость в военном искусстве.
Когда в 1900 г. разразилось «боксерское восстание», государство поддержало его. Первой жертвой стал британский миссионер. Неприязнь к чужеземцам ощущалась в Китае повсеместно, и восставшие везде находили поддержку. Линии передач были перерезаны, железнодорожные пути взорваны, принадлежавшие западному капиталу фабрики сожжены. Цыси вела хитрую игру. Она делала вид, что защищает иностранных граждан, отправляя войска против восставших, но в то же время обещала армейским командирам большую награду «за уши каждого мертвого иностранца».
Вскоре императрица отказалась от двойной игры. По ее приказу китайские войска присоединились к восставшим. Убивали так много и часто, что порой не успевали убирать трупы. По Пекину стали распространяться инфекционные болезни. Иностранные державы, и прежде всего Великобритания, прислали войска, чтобы спасти своих граждан от жестокой расправы. Цыси была вынуждена бежать. Когда она покидала дворец, к ее ногам кинулась наложница свергнутого императора и умоляла позволить Гуансюю жить во дворце. Цыси приказала евнухам: «Сбросьте эту негодницу в колодец! Пусть она умрет в назидание всем непокорным».
После изгнания из Пекина императрица была вынуждена отказаться от привычной роскоши. Пища ее стала скудной, власть она потеряла. В стране царили беспорядок и насилие. Но вскоре «боксерское восстание» было подавлено союзными войсками, и Цыси разрешили вернуться в столицу после подписания мирных соглашений.