Судьба преданных им людей не волновала Полякова. Позже он узнает, что одни нелегалы счастливо избежали ареста ФБР, вторые попали в тюрьму, третьи были арестованы или перевербованы, четвертые, как капитан Мария Доброва, покончили жизнь самоубийством. Все поддерживавшие с ними конспиративную связь офицеры резидентуры были обвинены своим руководством в этих провалах и изгнаны из разведки и армии. Поляков продолжал оставаться спокойным, он — как тот солдат, который считал, что война без жертв невозможна.
Что и говорить, это был тогда самый тяжелый провал агентурной и нелегальной сети ГРУ в США. Чтобы выяснить причину таких массовых провалов, в 1962 году была создана в ГРУ специальная рабочая группа из нескольких человек для расследования этого факта. На основе тщательного изучения и анализа всех материалов по работе в Америке комиссия пришла к выводу, что возможными причинами провалов могло стать следующее: «использование нестойких документов и неудовлетворительное решение легализационных вопросов в стране пребывания, слабая подготовка и невысокие деловые и личностные качества разведчиков — нелегалов, грубые ошибки резидентуры в организации работы и поддержания связи». Но не согласился тогда с такими выводами лишь один человек — это генерал-лейтенант ГРУ Леонид Гульев. Он сказал в то время: «Если не видишь всех точек соприкосновения при выявлении виновника этого чудовищного преступления, то никому и никогда не удастся правильно соединить их между собой. И что удобнее всего списать свои ошибки за счет промахов нелегалов и их связников».
Знавший, что любая разведка всегда стремится не выносить сор из избы и что изменить что-либо после выводов комиссии не в силах, Гульев на какое-то время внешне смирился, но не отступил. Он запросил материалы личных дел на всех засвеченных разведчиков-нелегалов и агентов, сам проанализировал все и пришел к непреложному факту: в провалах виноват только Поляков. Об этом Гульев сообщил командованию ГРУ, но оно не признало и не хотело признавать наличие в рядах военной разведки возможного предателя! Ему сказали, что это плод его фантазии, что у него нет никаких доказательств. И что негоже бросать тень подозрений на старшего офицера — генерала, фронтовика-орденоносца. Это потом уже стали появляться другие, вызывавшие серьезные подозрения в отношении Полякова факты: публикация отрывков из книги Джона Баррона в журнале «Ридерз дайджест» за 1970 год, где более тридцати раз упоминалась фамилия советского разведчика по фамилии «Поляков» и прямо говорилось, что он готовил ранее нелегалов по линии ГРУ. А спустя некоторое время американские спецслужбы спохватились, что выход в свет этих журнальных статей может повлечь разоблачение их самого ценного агента. Поэтому в выпушенной в 1974 году книге Баррона фамилия Полякова была убрана. А через шесть лет появилась еще одна публикация — уже бывшего американского разведчика Дэвида Мартина «Причуды зеркал», в которой приводились подлинные факты предательства офицера ГРУ под псевдонимом Бурбон.