И вот рейс Одесса — Александрия. Рейс недолгий и нетрудный. Но он разочаровал. Ни новых земель, ни ярких романтических впечатлений, ни практики дальнего плавания. Такое же, как и по Чёрному морю, плавание вдоль берегов. Суета, торопливые пассажиры, сотни пудов коммерческих грузов, угодничество судовых чинов, боявшихся потерять место, их постоянные поиски дополнительного заработка, контрабандная торговля — всё это оказалось невыносимым для Седова. Он списался после первого же рейса.
Вспомнил гидрографию, основы которой изучал, готовясь к экзаменам на «Березани», — науку о морях и побережьях, их исследованиях и описаниях. И возникла новая идея — стать гидрографом. Но чтобы стать гидрографом, надо было закончить курс Морского корпуса — высшего военно-морского учебного заведения.
«Сдам экстерном», — решил Седов и вновь принялся штудировать учебники, наставления. Помогали штурманские знания, навыки военно-морской подготовки на «Березани». Седов снял комнатку в Петербурге и зарабатывал на жизнь репетиторством. Готовясь сам к сдаче экзаменов экстерном, он взялся подготовить к сдаче специальных испытаний экстерном за курс мореходных классов нескольких соискателей штурманского звания. И надо сказать, все пятеро, наставником которых был молодой Седов, выдержали испытания и получили дипломы штурмана.
Самому же ему не всё было понятно из скупых печатных наставлений по дисциплинам, которые он взялся изучить. Пришлось обратиться за консультацией к одному из офицеров, экзаменовавших его прежде на чин прапорщика. Поговорив с Седовым, тот был изумлён глубиной его теоретических познаний в морском деле, решимостью, настойчивостью и взялся помочь. Он написал несколько рекомендательных писем. С одним из таких писем Седов оказался у генерала Дриженко. Известный гидрограф со вниманием отнёсся к молодому моряку, которого ему рекомендовали. Увидев в энергичном молодом человеке прекрасные задатки, вместе со своим другом Варнеком, тоже видным гидрографом, генерал ходатайствовал о Седове перед высоким начальством, помогая пробиться через препоны, не дозволявшие человеку простого сословия поступать в Морской корпус — привилегированное дворянское высшее учебное заведение.
И вот в октябре 1901 года Седов блестяще сдал экстерном экзамены за полный курс Морского корпуса. Он был произведён в чин поручика запаса по адмиралтейству. Благодаря опять же ходатайству Дриженко, проникшегося симпатией к способному и упорному моряку, Седов был зачислен на службу в Главное гидрографическое управление военно-морского флота.