Никон наконец согласился, но поставил условие: «Если вам угодно, чтобы я был патриархом, произнесите обет в этой соборной церкви… что вы будете содержать евангельские догматы и соблюдать правила святых апостолов и святых отец и законы благочестивых царей. Если обещаетесь слушать и меня, как вашего главного архипастыря и отца во всем, что буду возвещать вам о догматах Божиих и о правилах, если дадите мне устроить Церковь, то я по вашему желанию и прошению не стану более отрекаться от великого архиерейства». Царь и собор дали Никону такое обещание. Павел Алеппский, описывая избрание Никона на патриаршество, также сообщает об условии, поставленном им, что «царь отнюдь не будет заниматься делами Церкви и духовенства», и добавляет, что это соглашение между Никоном и царём было даже скреплено особым «царским указом», то есть какой-то грамотой царя, в которой он письменно подтверждал свой отказ от участия в делах Церкви и духовенства. Диакон Феодор подтверждает этот факт: «Царь Никону запись даде своею рукою в начале поставления его, еже во всем его послушати и от бояр оборонить и его волю исполнять».
23 июля 1652 года Никон был наречён патриархом, а 25 июля состоялось его торжественное возведение на патриаршество. Рукоположение [30] было совершено на соборе архиереев во главе с митрополитом Казанским и Свияжским Корнилием по специально составленному «Чину избрания, наречения, благовествования, посвящения Никона…». Никон был одет в саккос святого митрополита Петра. В своей речи он ясно дал понять, что его интересы ограничиваются не только Русской Церковью, но и всем православным миром. Он обещал молиться, чтобы «благочестивое царство прославилось от моря и до моря и от рек до конца вселенной».
По случаю рукоположения нового патриарха царём был устроен в Грановитой палате богатый стол. «И из стола святейший Никон патриарх Московский и всеа Руси встав, ездил кругом города Кремля на осляти. А осля водили под патриархом бояре и околничие те ж, которые были у стола». Русские архиереи, участвовавшие в поставлении Никона, дали ему настольную грамоту за своими подписями и печатями. В грамоте говорилось: «С великою нуждею умолиша его на превысочайший святительский престол». В этот день патриарху были поднесены богатые подарки, а через некоторое время царь пришлёт ему золотую митру-корону — по образцу тех, что носили греческие патриархи, — вместо обычной до того времени патриаршей шапки, опушённой горностаем…
Став патриархом, Никон резко изменил своё поведение по отношению к своим вчерашним соратникам-боголюбцам.