Молодой боголюбец, поставленный в священники, возвращается в село Никольское, но здесь его ожидают лишь новые распри с местным духовенством. Тогда он уезжает учиться в нижегородскую деревню Лысково у пользовавшегося в то время широкой известностью священника Анании, который «зело искусен бе в Божественном писании», а затем переселяется в Нижний Новгород. Здесь, облюбовав ветхую, много лет пустовавшую церковь Воскресения Христова, Иоанн Неронов становится при ней священником. На новом месте он продолжает свою горячую проповедь благочестия среди клира и мирян. Именно Неронову принадлежит заслуга возрождения личной проповеди, которой уже несколько столетий не знало русское православие. При нём всегда была книга Маргарит — собрание проповедей святого Иоанна Златоустого, по которой отец Иоанн Неронов учил русских людей, «на стогнах града и на торжищах… возвещая всем путь спасения». «Егда прочитавше народу святые книги, тогда бываху от очию его слезы, яко струя, и едва в хлипании своем проглаголываше слово Божественного писания, сказоваше же всякую речь с толкованием, дабы разумно было всем христианом». Вслед за Иоанном Нероновым с устными проповедями стали выступать многие нижегородские священники, а другой представитель боголюбцев — протопоп Логин Муромский — впоследствии приобрёл своими проповедями всеобщую любовь прихожан.
Всей своей жизнью Неронов, невзирая на «дух времени», пытался следовать христианским заповедям. Он открывал школы, богадельни, смело вмешивался в дела светских властей как в провинции, так впоследствии и в столице. В 1632 году, когда царь Михаил Феодорович собирался в Смоленский поход на поляков, Неронов требовал не проливать кровь христианскую и предрекал неудачу в походе. За «гордость и высокую мысль» его сослали на два года на дальний север — в Николо-Карельский монастырь. В сопроводительной грамоте патриарх Филарет писал о нём: «Во иступлении ума бысть, и ныне не в совершенном разуме. И в людех многую смуту чинил, а людей учил без нашего благословения, и священников лаял и еретиками называл от своего безумства».
После смерти патриарха Филарета отец Иоанн Неронов был освобождён. Он возвращается в Нижний Новгород, а затем поселяется в Москве, где по ходатайству царского духовника Стефана Внифантьева и Ф.М. Ртищева становится в 1645 году протопопом Казанского собора, что «на Пожаре», то есть на Красной площади. Этот храм был возведён ещё князем Д.М. Пожарским в память освобождения Москвы в 1612 году от польских интервентов. Деревянная церковь сгорела в 1632 году, а на её месте была в 1636 году построена новая, каменная. По распоряжению царя Михаила Феодоровича сюда дважды в год — 8 июля, в день явления образа Богородицы в Казани в 1579 году, и 22 октября — на праздник святого Аверкия Иерапольского, когда штурмом был взят Китай-город, — стали совершаться большие крестные ходы из Кремлёвского Успенского собора, причём в этих крестных ходах участвовал сам царь. Последний праздник особенно стал почитаться царём Алексеем Михайловичем после рождения 22 октября 1648 года его первенца, царевича Димитрия Алексеевича.