Ввиду этих соображений осторожный патриарх Иосиф не решался запретить многогласие. Он был сторонником умеренного многогласия [17], допуская его только в приходских церквах, в монастырях же требовал единогласия. Так, в своей грамоте в Саввин монастырь в 1648 году он пишет: «Архимандриты, и игумены, и попы черные, и строители и старцы о церковном пении и благочинии нерадеют… в церквах Божиих поют по скору, неединогласно, со всяким безстрашием».
11 февраля 1649 года по приказу царя патриарх Иосиф собрал церковный собор, который рассмотрел вопрос о единогласии. На соборе было отмечено, что от введения в московских приходских церквах единогласного пения «на Москве учинилась молва великая, и всяких чинов православные людие от церквей Божиих учали отлучатися за долгим и безвременным пением». Участники собора постановили: «Как было при прежних святителех, митрополитех и патриарсех по всем приходским церквам божественней службе быти по-прежнему, а вновь ничево не всчинати». Собор осудил противников многогласия, что вызвало крайне негативную реакцию со стороны боголюбцев. Стефан Внифантьев, обычно спокойный и кроткий, не выдержал: он публично пожаловался царю на патриарха и все церковные власти, присутствовавшие на соборе, называл их «волками и губителями», а не пастырями, утверждал, что многогласием уничтожается истинная Церковь Христова, и в глаза «бранил и бесчестил» патриарха и всех участников собора, выступивших за многогласие. В ответ патриарх Иосиф от своего лица и от всего освященного собора подал царю челобитную с жалобой на протопопа Стефана. «Благовещенский протопоп Стефан, — писал патриарх в челобитной, — бил челом тебе, государю, на меня, богомольца твоего, и на нас, на весь освященный собор, а говорил: будто в московском государстве нет церкви Божии, а меня, богомольца твоего, называл волком, а не пастырем; тако же называл и нас, богомольцов твоих, митрополитов, и архиепискупов, и епискупа, и весь освященный собор бранными словами, и волками, и губителями, и тем нас, богомольцов твоих, меня, патриарха, и нас, богомольцов твоих, освященный собор, бранил и бесчестил». Патриарх требовал созыва собора для суда над царским духовником, ведь согласно Соборному уложению 1649 года за хульные слова на Церковь полагалась смертная казнь. Однако царь Алексей Михайлович поддержал Стефана Внифантьева и оставил патриаршую челобитную без всякого внимания. Одновременно он отказался утвердить и соборное постановление, узаконивавшее многогласие. Это было неслыханно!
Спустя два года, в феврале 1651 года, по вопросу о единогласии состоялся новый собор, на котором по настоянию Алексея Михайловича и Стефана Внифантьева было решено держаться «единогласия» при чтении: