[20] с пушкарями прибежали и, ухватя меня, на лошеди умчали в мое дворишко; и пушкарей воевода около двора поставил. Людие же ко двору приступают, и по граду молва велика. Наипаче ж попы и бабы, которых унимал от блудни, вопят: “убить вора, блядина сына, да и тело собакам в ров кинем!”»
На третий день, ночью, тайно, оставив в Юрьевце-Повольском жену, детей и всех домочадцев («человек с дватцать»), Аввакум снова бежит в Москву. В Юрьевец-Повольский он больше не вернётся. На пути Аввакум остановился в Костроме, где надеялся встретиться со своим другом и единомышленником протопопом Даниилом, который вместе с костромским священником Павлом и настоятелем Благовещенского монастыря игуменом Герасимом вёл проповедь христианского благочестия среди костромичей, обличая их пьянство и безнравственность. Однако оказалось, что и Даниил был изгнан своими прихожанами незадолго до того и тоже был вынужден бежать в Москву. В 1652 году во время Масленицы и Великого поста по настоянию протопопа Даниила в Костроме были закрыты все кабаки, что вызвало сильное недовольство протопопом у значительной части горожан и жителей окрестных селений. Властные действия Даниила вызвали к нему неприязнь и со стороны главы местной администрации, воеводы Ю.М. Аксакова. Давно вызревавшее недовольство суровым настоятелем собора в конце концов привело к открытому бунту, разразившемуся в конце мая 1652 года.
По распоряжению Даниила время от времени под замок в палату под собором сажали «в смиренье» нарушителей общественного порядка (в основном пьяных). Накануне 28 мая Даниил посадил в палату под собором троих очередных нарушителей, бывших, по-видимому, жителями села Селища. Этот случай оказался последней каплей, переполнившей чашу терпения противников протопопа. 28 мая 1652 года в кремль пришла большая толпа крестьян из Селища и других окрестных селений, во главе которой стоял настоятель Александро-Антониновской церкви отец Иван. Нужно отметить, что в ходе начатого затем следствия ряд свидетелей называли отца Ивана «бражником», на основании чего историки полагают, что селищенский священник имел личные счёты к протопопу Даниилу, так как тот наверняка и его обличал в склонности к пьянству. Толпа, в которой было много пьяных, явилась с песнями и шумом, сбив замок, освободила из палаты под собором троих задержанных. Мятежники избили нескольких сторонников протопопа. Толпа искала и самого Даниила (свидетели позже показывали, что «безчинники… протопопа Данилу хотели убить до смерти»). Спасая свою жизнь, он сначала скрылся в соборе, а затем после заутрени два дня укрывался в находящемся в кремле Крестовоздвиженском монастыре. Характерно, что во время бесчинств, совершаемых толпой, воевода Ю.М. Аксаков, двор которого находился вблизи от Успенского собора, видел всё происходящее, но не принял никаких мер к восстановлению порядка, что обычно объясняют его неприязнью к Даниилу. В первых числах июня Даниил покинул Кострому и отправился в Москву.