Собственных сочинений старца Капитона не сохранилось. Всё, что нам известно об основанном им движении, мы знаем или из правительственных документов, или из произведений его более поздних последователей конца XVII века, или из явно тенденциозных писаний их современников-противников. Первые упоминания о старце относятся к 1630-м годам. Известно, что Капитон был уроженцем Заволжья, давшего Руси немало монахов-пустынников, стремившихся спасти свою душу и найти спокойствие в многочисленных лесных скитах Русского Севера. Правда, в прежней монашеской традиции мы не найдём столь решительного разрыва с миром и отрицания возможности спастись в мирском обществе. Но ведь тогда и само общество было иным, и вера была крепче, и отход от идеалов Святой Руси — особенно среди высших сословий — не принял ещё столь широких масштабов.
Из Жития преподобного Корнилия Выговского, проведшего в своей молодости некоторое время в капитоновской обители, мы узнаём, что ещё задолго до 1630-х годов Капитон подвизался в скиту Преображения Господня, расположенном в 110 верстах от Тотьмы, примерно в 70 верстах на восток от Вологды, по реке Шуе. Скитское житие — любимая форма монашеского жития у преподобного Нила Сорского — в дальнейшем получит широкое развитие именно у старообрядцев. В конце 1620-х или в начале 1630-х годов Капитон оставляет Преображенский скит и уходит на 100 вёрст на юг, к селу Данилову, расположенному между Ярославлем и Вологдой. Там, у села Колесникова, он основывает новый Троицкий скит. Сохранилась царская грамота от 3 июля 1634 года, разрешающая существование скита и позволяющая Капитону пользоваться соседними угодьями. Царский указ косвенным образом подтверждает сведения старообрядческого писателя Симеона Денисова о личном знакомстве царя Михаила Феодоровича со старцем Капитоном. Обладая пророческим даром, старец не раз царю «многая откровения сокровенно возвещаша, чесо ради почитаем от царя и блажим бяше». Недалеко от колесниковской мужской обители Капитон основывает также и женскую обитель в Морозове, где под его руководством проживало 10–15 инокинь.
Поражает образ жизни этого сурового аскета, подвижника и постника, резко контрастировавший с повседневной жизнью не только приходского, но и монастырского духовенства того времени. «Аще и много по монастырем хождах, но мало таковых богоподвижных обретох», — признаётся преподобный Корнилий Выговский. «Капитон той слышан бе яко муж праведен и благ, инок чюден… Воздержен в посте, вериги на себе носил каменныя, плита созади, а другая спереди, по полтора пуда в обеих: и всего весу три пуда. Петля ему бе пояс, а крюк в потолке, а обе железны, и то ему постеля: прицепя крюк в петлю, повисаше спати…»