Именно торжеством антихриста в Риме с 1000 года от Рождества Христова он объяснял разделение христианской Церкви на католичество и православие, а точнее — отпадение католиков от Церкви. Особое значение в этом контексте приобретало такое событие, как Крещение Руси князем Владимиром в 988 году (то есть приблизительно в то же время) и образование Русской Церкви. Хотя Рим отпал от истинной веры, но зато в Церковь вступила Русь, заняв место Рима в священной пентархии (власти пяти патриархов).
Далее Захария Копыстенский обращался к известному апокалипсическому числу 666, сложение которого с первой датой давало 1666 год. При этом он раскладывал число на последовательные этапы — 1000–1600 — 1660–1666… Каждая из этих дат связывалась им с каким-либо церковным расколом. Итак, следующим этапом отпадения явился по схеме Захарии Копыстенского 1600 год. Как раз около этого времени — в 1596 году — произошло новое нападение антихриста на истинную веру, причём именно на ту часть христианского мира, которая, по мысли Захарии Копыстенского, хранила наследие крестителя Руси — Киевскую митрополию. Это была печально известная Брестская уния, заключённая между католической и украинско-белорусской православной церквями, уния, в результате которой православные Западной Руси фактически лишились трехчинной иерархии. «Заключение Брестской унии Захария Копыстенский объясняет происками римского папы-антихриста и воспринимает как событие космического масштаба. В его понимании судьбы мира зависят теперь от противоборства униатов и сторонников православия. Очевидно, в случае дальнейшего сохранения унии, он подразумевал вмешательство небесных сил. Согласно библейским пророчествам, второе пришествие начнётся для спасения Христом своих гонимых, преследуемых антихристом избранников. Безусловно, последнюю на земле общину истинно верующих Захария Копыстенский видел в киевской православной митрополии. По пророчеству “Палинодии”, дальнейшее развитие связанных с антихристом событий произойдёт в 1660 году и, окончательно, в 1666 году. Эти даты обозначали следующие ступени отпадений. В тексте “Палинодии” они не имели исторических привязок. Что именно произойдёт в последнем, 1666 году — конец света или земное воплощение антихриста, Захария Копыстенский точно не оговаривал. Его схема могла интерпретироваться как в том, так и в другом направлении» (Опарина).
Похожие представления об отпадениях от истинной веры развивал в своих сочинениях другой видный украинский писатель-полемист, афонский инок Иоанн Вишенский (около 1550 — после 1621). Иоанн Вишенский говорил об отступничестве униатов, которые поставили своими безрассудными действиями под угрозу судьбы всего мира. В его сочинениях утверждалось, что благодаря нескольким отпадениям антихрист уже торжествует над миром и близок конец света и час расплаты подчинившихся сатане. Однако никаких конкретных чисел Иоанн Вишенский не приводил. Основная его критика была направлена в адрес обмирщившегося, оторвавшегося от православного народа и перешедшего в унию епископата. Обращаясь к униатскому епископату, он говорит: