Несомненно, престарелый патриарх Иосиф понимал, что мешает реформаторам и что они с нетерпением ждут, когда же он, наконец, освободит патриаршую кафедру для более сговорчивого кандидата или даже для явного сторонника новшеств. Предчувствуя скорую смерть, во время перенесения мощей патриарха Иова в Успенский собор 5 апреля 1652 года Иосиф указал царю на место рядом с гробом Иова: «Кому ж в ногах у него лежать?» — «Ермогена тут положим», — ответил царь. «Пожалуй, государь, меня тут, грешнаго, погрести». Через десять дней патриарха не станет…
Хотя Иосиф и не был принципиальным противником греков и в своих посланиях к датскому королевичу Вальдемару положительно отзывался о вселенских патриархах и их вере, результаты экспедиции Арсения Суханова заставляли всерьёз задуматься о благочестии современных греков и ещё крепче держаться за церковное предание, освящённое авторитетом Стоглавого собора. «И как бы предвидя, а вероятно и зная, что скоро русские церковные чины и книги должны будут потерпеть значительные изменения, он говорит: “А иже кто гордостию дмяся, и от неразумия безумен, сый сего древняго и нынешняго нашего соборнаго уложения учнет превращати, и на свой разум чины церковныя претворяти, мимо наших древних письменных и печатных книг, и таковый по правилом святых отец от нашего смирения приимет отлучение и извержение”».
Но реформаторы торопились. Под давлением царя и его духовника патриарх Иосиф вынужден был в 1650 году обращаться для разрешения важных церковных вопросов к константинопольскому патриарху Парфению II как более авторитетному. Реабилитация греков шла полным ходом: незадолго до смерти Иосифа царь приказал во время богослужений на многолетиях поминать вместе с московским патриархом и вселенских греческих патриархов. «Это распоряжение царя, чтобы на многолетиях поминались вселенские патриархи, было публичным, торжественным признанием полного единения русской церкви с вселенскою греческою, публичным в слух всех признанием тогдашних греческих патриархов такими же православными, как и московский патриарх».
Уже собор 1649 года показал, что царь не ставит престарелого патриарха ни во что, позволяя своему духовнику публично его оскорблять. Спустя два года в Соборном уложении 1651 года о единогласном пении патриарх Иосиф с горечью замечает: «Третие бо се лето есть биему от свадник, терпя клеветные раны». Он не раз говорил своим близким людям: «Переменить меня, скинуть меня хотят». Патриарший дьяк передавал и другие слова Иосифа: «Если и не отставят, то я сам от срама об отставке стану бить челом; и денег приготовил с чем идти, как отставят»