В иностранных портах находилось 20 судов, на переходе морем — 7 советских судов. Иностранные суда в советских портах: датское в Ленинграде, германское в Вентспилсе. Германским судном был «Клаус Рикмерс», стоявший в ремонте с весны 1941 г. На нем были захвачены карты немецкого торгового флота. Впоследствии командование Балтфлота пыталось использовать их при выборе маршрутов патрулирования и позиций подводных лодок. Однако с началом войны маршруты были изменены, кроме того, немцы считали кампанию скоротечной и попросту приостановили многие перевозки, рассчитывая возобновить их после разгрома СССР. Поэтому трофеи с «Клауса Рикмерса» оказались по большому счету бесполезными.
Несколько позже, в 1:12, 22 июня нарком направляет на флоты куда более пространную директиву № зн/88. В ней во многом копировал документ, направленный сухопутным войскам приграничных округов. В ней говорилось: «В течение 22.6—23.6 возможно внезапное нападение немцев. Нападение немцев может начаться с провокационных действий. Наша задача — не поддаваться ни на какие провокационные действия, могущие вызвать крупные осложнения. Одновременно флотам и флотилиям быть в полной боевой готовности встретить возможный удар немцев или их союзников. Приказываю, перейдя на оперативную готовность № 1, тщательно маскировать повышение боевой готовности. Ведение разведки в чужих территориальных водах категорически запрещаю. Никаких других мероприятий без особого распоряжения не проводить».
Тем самым предыдущий простой и всем понятный приказ во многом дезавуировался. В директиве появляется лукавое словосочетание «не поддаваться на провокации» и предложение тщательно маскировать повышение боевой готовности. В обстановке перехода от мира к войне это могло привести к весьма печальным последствиям. Но к счастью, советский флот не был приоритетной целью немецкой авиации в первые часы войны.
Первый день войны в Таллине прошел очень спокойно. Ю.С. Руссин, служивший на подводной лодке типа «М» («малютки»), вспоминал: «В субботу, 21 июня, 1941 г. личный состав подводных лодок жил по обычному распорядку дня. Вечером одна часть личного состава находилась в увольнении на берегу, другая — несла дежурно-вахтенную службу и отдыхала в кубриках на плавбазах. Никто не мог предположить, что это последний мирный день, что следующий день станет поворотным в судьбе каждого, в судьбе всей страны.
В 23 часа 37 минут на кораблях флота прозвучали колокола громкого боя. Должен заметить, что мы нередко слышали такие сигналы и были в какой-то мере привычны к ним. Еще 19 июня по приказанию из Москвы Балтийский флот был переведен на боевую готовность № 2. Ранее тревоги проводились как учебные, и личный состав выполнял свои обязанности в установленной последовательности. Но на этот раз боевая тревога всех насторожила. Она отозвалась в сердце каждого. И действительно, в ту ночь флот переходил на боевую готовность № 1.