Не следует думать, что основной заботой советских моряков 22 июня была подготовка к отступлению из Лиепаи. Лодки Л-3, М-79, М-81, и М-83 были сразу же высланы на позиции на подступах к базе с моря, которые они должны были занимать по предвоенным планам. В 9:30 Лиепаю покинула М-83, в 10:30 — М-81, в 19:30 — Л-3. Тральщик «Фугас», несмотря на неисправность двигателя, выставил минное заграждение из 207 мин на подходах к Лиепае. Тральщики этого проекта, несмотря на основное предназначение бороться с минами противника, имели возможность брать на борт и устанавливать небольшое количество морских мин заграждения. Постановка «Фугаса» оказалась весьма результативной: до конца года на его минах подорвались немецкие тральщики М-3134, М-1708 и М-1706, сторожевой корабль V 309 и охотник за подводными лодками UJ-113.
Эвакуация кораблей из Лиепаи началась, когда части 291-й пехотной дивизии уже подошли к городу. Первый бой на ближних подступах к Лиепае состоялся в ночь на 23 июня. В нем участвовали разведывательный батальон 67-й стрелковой дивизии и ее 281-й стрелковый полк в неполном составе. Когда в надвигающейся темноте летней ночи затрещали выстрелы пулеметов и первые залпы орудий, отданный еще в середине дня приказ начал выполняться. В 23:20 22 июня базу покинули и направились в Виндаву подлодки С-9, «Калев» и «Лембит». Впоследствии «Лембит» станет одной из самых знаменитых советских лодок. Подводные лодки М-77 и М-78 вышли из Лиепаи после полуночи, т. е. уже 23 июня. М-78 была потоплена на переходе немецкой подводной лодкой U-144. Также 23 июня из базы ушли тральщик «Фугас» и малые охотники. Из числа гражданских судов порт покинули танкер «Железнодорожник» и восемь транспортов. Оставшиеся в базе эсминец «Ленин», подлодки «Ронис», «Спидола», М-71, М-80 и С-1 были впоследствии взорваны экипажами во избежание их захвата противником. Та же судьба постигла подлодку М-83, вернувшуюся в базу с позиции из-за повреждения перископа. До того как Лиепая была блокирована с суши 23 июня, ее покинули эшелон с семьями гарнизона и железнодорожная батарея. Оборона Лиепаи продолжалась до 27 июня, а отдельные разрозненные отряды сопротивлялись до 29 июня.
Как и следовало ожидать, 22 июня был открыт счет потопленных немцами советских гражданских судов. Первым стал пароход «Гайсма» (3077 брт). Он следовал из Риги в Любек с грузом леса. В 3:45 пароход у юго-восточного берега острова Готланд был атакован немецкими торпедными катерами S-59 и S-60, которые обстреляли судно, а затем потопили его двумя торпедами. Погибло шесть человек, попали в плен еще двое. Оставшиеся 24 члена экипажа через 14 часов добрались на шлюпке до латвийского берега в районе маяка Ужава, где похоронили скончавшегося от ран капитана Н. Г. Дувэ. Еще одной жертвой немецких катерников стал транспорт «Лииза», следовавший из Лиепаи в Палдиски с грузом цемента и колючей проволоки. Он был в 23:15 22 июня задержан катерами немецкой 2-й флотилии у побережья острова Хийумаа (Даго). Немцы позволили экипажу покинуть корабль, который затем был торпедирован катерами S-43 и S-106. Экипаж (14 мужчин и 1 женщина) был взят в плен и принят на борт S-106.