Необходимо регулярно контролировать содержание кислорода в воде. Рекомендуемое содержание кислорода должно быть для форели и других холодноводных рыб высоким, для карпа и растительноядных рыб можно поменьше.
В зимний период в связи с образованием ледового покрова и прекращением выделения кислорода растениями во многих непроточных заиленных водоемах не хватает кислорода, условия дыхания рыб резко ухудшаются, что также вызывает замор и гибель рыбы. Во избежание обеднения воды кислородом необходимо осуществлять продувание, особенно в зимний период.
В воде, помимо кислорода, растворяются и такие газы, как азот, углекислота. Избыточное количество растворенной в воде свободной углекислоты (больше 20 мг на 1 л) неблагоприятно для жизни рыбы. В загрязненных водоемах образуются вредные для жизни рыб газы: метан и сероводород.
Важное значение для жизни рыб имеет реакция воды, которая может быть кислой, щелочной и нейтральной. Кислая реакция неблагоприятна для жизни рыб.
Для уменьшения кислотности воды в водоемах следует вносить известь или устанавливать на источниках известковые фильтры, известковые мельницы. Для предупреждения образования в водоеме сероводорода надо очищать дно от излишков ила, водной растительности или применять осушение и минерализацию почвы, сжигание растительности, известкование заторфованных участков.
Минеральные вещества — соединения фосфора и азота, а также калийные, кальциевые и другие соли необходимы для развития растительных и животных организмов, обитающих в воде. Соли поступают в водоем с водой, которая, проходя через почву, растворяет находящиеся в ней вещества. При разложении и минерализации илистых отложений дна водоема, а также отмерших водных растений и животных, происходит обогащение воды минеральными веществами. Внесение органических и минеральных удобрений сильно обогащает воду веществами, которые способствуют массовому развитию водорослей, составляющих пищу водных животных.
Железо в воде большинства пресных водоемов обычно находится в виде окисных солей. Поступающая в некоторые водоемы ключевая вода может содержать соли закисного железа, которое при переходе в окисное железо поглощает много кислорода, образуя с водой гидрат окиси железа.
Гидрат окиси железа в виде бурого налета осаждается на жабрах рыб, нарушая дыхание. Особенно вреден для рыбы избыток железа при кислой реакции воды. Но небольшое количество железа необходимо для жизни растительных и животных организмов. Уменьшение количества железа в воде достигается усиленной аэрацией воды. Аэрация воды способствует окислению железа и выпадению его в осадок.