Однажды, задолго до рассвета, Кирину вызвали в управление. Накануне она закончила работу далеко за полночь, едва успела прилечь, и вот снова вызов. В кабинете у начальника Московского управления НКВД уже собрался почти весь оперативный состав. Начальник кратко объявил: Германия напала на Советский Союз, началась война.
Все в то время рвались в действующую армию, в том числе и Марина. Но на фронт ее не пустили. «Ты нужна в Москве», — сказали ей.
И действительно, она пригодилась в Москве.
Вскоре Марина увидела первого в своей жизни нациста. Это был гитлеровский летчик, сбитый нашими зенитчиками в небе над Москвой. Причем не простой летчик, а племянник командующего германским люфтваффе Г. Геринга. Марине было поручено допросить немецкого аса. На допросе пленный фашист вел себя вызывающе. На все вопросы отвечал презрительной ухмылкой. В первые дни войны гитлеровцы верили в свою скорую победу, их авиация господствовала в воздухе. Летчик так ничего и не сказал. Марина Ивановна позже рассказывала, что во время допроса летчика ночное небо Москвы содрогалось от гула немецких самолетов, а в различных районах города были слышны мощные взрывы авиабомб.
Осенью 1941 года положение советской столицы стало угрожающим. Враг подошел к стенам Москвы, и Гитлер даже назначил парад на Красной площади на 7 ноября. Москва перешла на осадное положение. Не исключалось, что фашистам удастся взять город. Чекистами создавались оперативные группы для выполнения особо важных заданий командования в Москве на случай ее оккупации, а также в тылу врага. Марина Кирина была назначена связной в одну из таких групп, которой предстояло действовать в Калуге. Руководил группой ее товарищ по работе Павел Астахов. Из всей группы она знала в лицо только Астахова, с которым поддерживала связь.
Но немецкий план взятия Москвы провалился. Под ударами Красной армии гитлеровские вояки стали поспешно отступать, бросая вооружение и боевую технику и оставляя на подмосковных дорогах тысячи мерзлых трупов. Войска под командованием генерала армии Г. Жукова захватили множество военнопленных. С отдельными из них Марине довелось работать. Теперь они вели себя не так вызывающе, как племянник Геринга. Часть пленных немцев перешла на сторону Красной армии. Вместе с другими чекистами Кирина изучала их, отбирая тех, кто мог выполнять задания разведки за линией фронта. Она также участвовала в подготовке и засылке агентов-немцев непосредственно в Германию и оккупированные ею страны.
В феврале 1943 года завершилась Сталинградская битва, положившая начало окончательному изгнанию нацистских войск с территории нашей страны. В стальное кольцо Красной армии под городом на Волге попала вражеская группировка в составе 220 тысяч человек под командованием фельдмаршала Паулюса. Остатки его 6-й армии, всего около 90 тысяч солдат и офицеров, сдались в плен. В Москву доставили множество германских генералов и старших офицеров, и работы для Марины прибавилось.