Исключительно важным был вопрос о непосредственном военном руководстве Красной армией. Троцкий придерживался той точки зрения, что пост главнокомандующего должен быть отделен от поста наркома. С середины марта 1918 г. должности главнокомандующего не существовало. Но очень скоро руководители Советской республики пришли к выводу, что решение об отмене этого поста было преждевременным. Согласно положению о Реввоенсовете главнокомандующему предоставлялась полная самостоятельность в оперативно-стратегических вопросах; нарком же, являвшийся одновременно председателем РВС, осуществлял общее руководство вооруженной борьбой.
Вначале фактическим главнокомандующим (или, точнее, командующим войсками Восточного фронта, ибо других фронтов тогда не существовало) был бывший подполковник царской армии левый эсер М.А. Муравьев, перед этим сыгравший заметную роль в подавлении выступления Керенского – Краснова под Петроградом и в других военных операциях. Муравьев энергично и инициативно вел военные действия против Чехословацкого корпуса, оказавшего вооруженное сопротивление Красной армии после приказа Троцкого о разоружении чехов и словаков, направлявшихся в многочисленных эшелонах на восток для морской эвакуации за пределы России. Приказ же о разоружении Чехословацкого корпуса и приостановке его продвижения был издан Троцким по требованию Германии, не заинтересованной в том, чтобы свежесформированный корпус – его формирование началось еще до революции – пополнил войска союзников, воюющих с Четверным союзом, для чего союзники и пытались эвакуировать корпус через Дальний Восток.
10 июля 1918 г., после разгрома ПЛСР, член левоэсеровской партии Муравьев заявил, что прекращает борьбу против чехословаков и объявляет войну Германии [583] . В ответ Троцкий объявил Муравьева вне закона [584] . При попытке ареста командующий войсками Восточного фронта оказал сопротивление и в завязавшейся потасовке был убит выстрелом. В тот момент советское правительство посчитало, что выгоднее заявить о самоубийстве Муравьева. И формально всегда считалось, что Муравьев застрелился, когда осознал, что арест неминуем. 12 июля распоряжением Троцкого новым командующим Восточным фронтом был назначен Вацетис. 1 сентября Вацетис был переназначен главнокомандующим Вооруженными силами РСФСР [585] .
Надо сказать, что это назначение было для Троцкого в известной степени компромиссным, ибо другого достойного командующего он пока не видел. Вацетис отличался резкостью суждений, прямолинейностью и непримиримостью к вмешательству в его дела, которые он подчас понимал расширительно. Троцкому запомнилось, что перед военным парадом 2 мая 1918 г. Вацетис неожиданно потребовал, чтобы парад принимал Ленин, а когда стало известно, что главным действующим лицом будет Троцкий, латышские стрелки по приказу Вацетиса демонстративно покинули Ходынское поле, где проходил парад. На Восточном фронте Вацетис в первый период потерпел несколько неудач. При этом он жаловался на решения Бонч-Бруевича, распылявшего войска без ведома главнокомандующего. Между двоими военными возник конфликт. Троцкий в этом конфликте поддержал Вацетиса. 2 августа он писал ему в не очень свойственном для Троцкого тоне: «Постигшая Вас частичная неудача нисколько не уменьшает ни моего уважения к Вашей энергии, ни моей веры в Ваш близкий успех. Направляюсь к Вам, чтобы оказать всестороннее содействие в Вашей работе» [586] . Подчеркнуто теплый стиль записки был более чем уместен: бывший царский офицер Вацетис, памятуя о судьбе Щастного, не без оснований опасался, что Троцкий может его арестовать или расстрелять.