В состав 3-го боевого отряда кроме командирского «Киевского» вошли новые экипажи ВК-XII, ВК-XVI и ВК-XVII. В июне 1916 г. все они перебазировались на аэродром Станьково в 45 км южнее Минска. В этом же месяце отряд и начал боевую работу. Воздушные корабли летали на бомбежку и разведку, успешно отражали атаки истребителей, был открыт счет сбитым вражеским самолетам. 12 сентября 1916 г. немецким истребителям удалось сбить первый «Муромец». Им стал ВК-XVI Макшеева. Экипаж погиб. Произошла трагедия из-за неправильной организации командованием армейской авиации тактики применения смешных бомбардировочных групп. Это был первый и последний «Муромец», погибший в бою. Шидловский и Сикорский сделали правильные выводы, и трагедия больше не повторилась. Так закладывались основы группового использования тяжелых бомбардировщиков.
В Зегевольде продолжал действовать 2-й отряд под командованием Ларова. Немцы, опасаясь дневных бомбардировок, начали по ночам скрытно осуществлять переброску войск. Тогда и решил командир Зегевольдского отряда попробовать делать боевые вылеты ночью. По его указанию были изготовлены специальные санки, на которых разводились яркие костры-светильники. «Муромец» тоже был дорабатан. В частности, сделан подсвет приборов, самолет снабжался осветительными ракетами. 8 февраля состоялся первый ночной вылет «Муромца» на бомбардировку. Штурман Шокальский точно вывел машину на Митаву. Бомбы полетели на эшелоны с артиллерией и войсками.
С марта 1916 г. в боевых действиях 2-го боевого отряда стали принимать участие ВК-IV Шарова и ВК-X Констенчика. В апреле в отряд прибыл новый ВК-VI Головина и ВК-VIII под командованием сотника Лобова.
Эскадра взаимодействовала не только с наземными войсками. В августе 1916 г. Лавров получил телеграмму от командира дивизиона эсминцев, охранявших вход в Рижский залив, с просьбой воздействовать на немецкую базу гидросамолетов, располагавшуюся на озере Ангерн в 70 км от Риги. Лавров распорядился подготовить к вылету все четыре корабля – ВК-I, ВК-IV. ВК-VI и ВК-VIII. Это было великолепное зрелище, когда 23 августа четыре красавца в ясном безоблачном небе медленно кругами набирали высоту, а потом неторопливо ложились на курс. Исторический день – первый групповой вылет тяжелых кораблей.
На базе у немцев было 17 самолетов. При подходе «Муромцев» восьми удалось взлететь. Они смело пошли в атаку, но запала хватило только на один заход. Встречный огонь был настолько плотен, что два тут же кругами пошли вниз, остальные бросились врассыпную. По ангарам и стоянкам базы был нанесен прицельный удар. Было видно, как разбегаются по воде в разные стороны самолеты, пытаясь взлететь, как настигают их взрывы. Всего было сброшено более 70 бомб, большинство из них попало в цель. Выполнив задание, «Муромцы» благополучно вернулись на свой аэродром. Разрушения настолько значительные, что противнику понадобится несколько недель на восстановление базы.