Между тем администрации управления ВМС удалось договориться с научным руководителем проекта — Джоном фон Нейманом, который никогда особо не ладил с Теслой. Фон Нейман был блестящим ученым, но, как руководитель и администратор, предпочитал прислушиваться к мнению вышестоящих инстанций, а не к доводам собственного разума. После того как его назначили директором проекта, он с большим энтузиазмом принялся за дело, начав интенсивную подготовку к серии решающих опытов.
Никола Тесла скончался в январе 1943 года, и уже ничто не могло остановить исследования «действия фактора X на биологическую среду». Существует версия, что незадолго до своей смерти Тесла отправил несколько писем в самые высокие инстанции, где аргументированно доказывал необходимость немедленного прекращения подготовки к заключительному этапу филадельфийского эксперимента. Так ли это, сказать трудно, ведь секретные службы сразу же после смерти изобретателя полностью конфисковали весь его архив, включая личные бумаги и письма.
Джон фон Нейман заново пересмотрел схему эксперимента и решил, что потребуются не два, а три очень мощных генератора. Выдающийся теоретик, конечно же, и сам допускал, что эксперимент может оказаться смертельно опасным для экипажа, как это предсказывал Тесла. Он решил, что третий — дополнительный — генератор позволит преодолеть возможные трудности. У него еще было время изготовить третий генератор, но на отладку синхронизации с остальными двумя времени не оставалось. Последний генератор ни разу не запустили, поскольку передаточный механизм, как оказалось, не соответствовал нужным параметрам. Фон Нейман не был удовлетворен подготовкой эксперимента, но руководство не собиралось больше ждать.
Летом 1943 года были проведены первые контрольные испытания с экипажем на борту. Сеанс работы секретного электронного оборудования продолжался четверть часа и сразу же выявил проблемы с командой. Сначала все без исключения испытывали сильное головокружение и тошноту. Затем начались психические припадки и по палубе с пеной на губах стали кататься несколько человек. После прекращения опыта все члены судовой команды еще очень долго испытывали пульсирующую головную боль, сильную ела-бость и периодические рвотные позывы. Впоследствии несколько человек пришлось списать на берег, а трех «вчистую комиссовать» из-за явных признаков душевных расстройств и психической неуравновешенности.
Из результатов «контрольного прогона» явно следовало, что оборудование требует усовершенствования, но демонстрационные испытания были назначены на 12 августа 1943 года. Приказ исходил от начальника штаба ВМС, который заявил, что его заботит только исход войны. Стремясь уменьшить опасность для задействованных в эксперименте людей, Джон фон Нейман постарался модифицировать оборудование так, чтобы снизить мощность электромагнитного поля и обеспечить лишь частичное выполнение целей проекта (о которых рядовые исполнители так ничего и не знали).