В марте 2003 г. вместе с П.Колбиным основал и зарегистрировал в СПб фирму «Сургутэкс» (гендиректор – Владимир Исаев, замгендиректора – Андрей Спиридонов). В июне 2003 зарегистрировал ООО «Трансойл СНГ» (первоначальные учредители – два юрид. лица, в т. ч. люксембургская фирмой Maples, три физических лица – В.Исаев,
А.Спиридонов и Юрий Никитин; гендиректор Игорь Рождественский, затем Сергей Федосеенков). В августе 2003 года при участии Игоря Левитина (ЗАО «Северстальтранс») создал транспортную компанию ООО «Трансойл» (генеральный директор – Игорь Ромашов; с 2006 – Андрей Гомон). Кроме сургутской нефти, «Трансойл» перевозит нефть «Роснефти» и «Газпромнефти».
В феврале 2004 в ряде российских СМИ было опубликовано последнее перед временным исчезновением интервью Иваном Рыбкиным, в котором он назвал Путина главным олигархом России, упомянув в связи с этим имя Г.Тимченко («…кто же тузеет еще? Атузеет бизнес ближайших друзей Владимира Владимировича Путина – старинных друзей еще по детству, по школе, по университету. Два брата Ковальчука, Михаил и Юрий, и Геннадий Тимченко. […] Под контролем Геннадия Тимченко нефтеперегонный завод в городе Кириши, рядом с Питером – это же громадный кусок. «Сургутнефтегаз» контролируют, питерский банк «Россия», через который идут большие потоки Минатома и МПС. […] Они контролируют два пароходства – Новороссийское и Совкомфлот, это 50 коммерческого флота России» – Васильев Юрий. Неведомые миру факты. [Интервью с Иваном Рыбкиным]// МН, № 4,6-12 февраля 2004. С.б).
Г.Тимченко «некоторые участники рынка считают конечным владельцем примерно 25 % акций» НК «Сургутнефтегаз», однако газета «Ведомости», изучавшая в нач. 2007 г. структуру владения и управления собственности активами «Сургутнефтегаза» (поданным на 2005 год, поскольку отчет за 2006 г. не был еще опубликован), не нашла «следов нефтетрейдера Геннадия Тимченко» («Ведомости», 24 января 2007).
В 2004 году был опубликован ооновский отчет Пола Волкера о злоупотреблениях в рамках программы «Нефть в обмен на продовольствие». Согласно этому отчету, некоторые участники программы превышали выделенные им квоты, перепродавали нефть, а с прибыли недоплачивали налоги. В числе нарушителей упомянуты компании Gunvor International и Gunvor Energy, которые скупили около 3 млн т иракской нефти на сумму $500 млн. у «Зарубежнефти» (генеральный директор – Николай Токарев) («Новая газета», 14–20 ноября 2005). Прибыль с перепродажи барреля иракской нефти доходила до $5, то есть 3 млн. т нефти могли принести порядка $125 млн. – этими доходами нефтет-рейдеры, как утверждается в отчете комиссии Волкера, потом делились с «Зарубежнефтью» («Новая газета», 14–20 ноября 2005; «Русский Newsweek», 15 января 2007).