В институте занимался вопросами математического моделирования, связанными с газодинамикой, физикой плазмы, ударно-волновыми процессами, а также партийной и общественной работой, советом молодых ученых, внедренческими инициативами.
В 1990–1991 гг. А.Фурсенко, Юрий Ковальчук (другой замдиректора ФТИ им. Иоффе), Виктор Мячин и Владимир Якунин (руководитель иностранного отдела ФТИ) выступили с инициативой создать при институте кольцо инновационных компаний для внедрения научных открытий в реальную экономику и зарабатывания на этом средств с дальнейшим вкладыванием их в науку. Директор института ЖАпферов не поддержал планы «коммерциализации» института, после чего А.Фурсенко, Ю.Ковальчук, В.Мячин и В.Якунин покинули ФТИ.
В 1991–1992 гг. – вице-президент петербургского АО «Центр перспективных технологий и разработок» (президент – Ю.Ковальчук).
С 1992 года по ноябрь 2001 года – генеральный директор Ассоциации (с марта 1996 – «Некоммерческого фонда») «Региональный фонд научно-технического развития» (РФНТР) Санкт-Петербурга при электронном предприятии «Светлана». РФНТР Спб был учрежден семью соучредителями, в т. ч. банком «Россия» (Виталий Савельев, Ю.Ковальчук), акционерным обществом «Фонд Регионального развития (ФРР) Санкт-Петербурга» (Ю.Ковальчук, Александр Столяров), электронным предприятием ОАО «Светлана» и КУГИ СПб.
С 1993 года знаком с Владимиром Путиным, который на посту председателя городского Комитета по внешним связям (КВС) оказывал покровительство экономическим структурам Ю.Ковальчука и В.Якунина («…Мы познакомились в 1993 году. Он довольно активно нас поддерживал и во многом способствовал созданию научно-технического центра. Был тогда один сложный момент, связанный с передачей нам здания крупного оборонного предприятия, и Владимир Владимирович, будучи председателем комитета по внешним связям и курируя в числе прочего и нашу деятельность, способствовал, чтобы это решение было принято» – «Коммерсант ВЛАСТЬ», 22 марта 2004, с.31).
В 1995 году вступил в движение «Наш дом – Россия» (НДР); председателем совета Санкт-Петербургского отделения – которого был В.Путин.
В ноябре 1996 года стал одним из восьми соучредителей дачного потребительского кооператива (ДПК) «Озеро» на берегу Комсомольского озера в Приозерском районе Ленинградской области (другие соучредители кооператива: Владимир Путин, Виктор Мячин, Юрий Ковальчук, Владимир Смирнов, Владимир Якунин, Сергей Фурсенко, Николай Шамалов).
В марте 2000 г. был назначен генеральным директором Венчурного инновационного фонда (ВИФ), учрежденного правительством РФ при участии правительства Санкт-Петербурга.