Командир одного из литовских отрядов Шилас проник в Конюхи под видом офицера войск Плехавичуса, явившегося организовать караульную службу. Будучи литовцем и военным, он не возбудил подозрений. Он изучил все посты и слабые места обороны. На основе его донесения штаб бригады разработал операцию. В ней участвовали группы бойцов из всех лесных партизанских отрядов, в общей сложности около ста пятидесяти человек, в том числе около сорока еврейских бойцов. Командовать операцией был назначен советский офицер из отряда Шиласа. Командиром еврейских воинов был Яков Пренер.
Часть партизан окружила село и вошла в него. Другая, куда входили и еврейские партизаны, осталась за селом в засаде с целью помешать подходу подкрепления из германского гарнизона. Местом засады было выбрано сельское кладбище. Партизаны, ворвавшиеся в село, двигались с трех направлений. Согласно плану, центральная штурмовая группа должна была со стрельбой пробиться вперед, а фланговые поджечь село. Но левый фланг еще только приближался к своей цели, а литовцы уже открыли огонь. Началась рукопашная. Многим литовцам удалось улизнуть из села, и они бросились бежать в направлении германского гарнизона. Они наскочили на засаду, были перебиты и лишь некоторые спаслись.
Видя, что попытка взять Конюхи врасплох не удалась, командовавший операцией офицер послал связных с приказом снять засаду и перебросить людей на подмогу дерущимся. Два вестовых из литовских отрядов пройти не сумели, и тогда командир послал третьего - Поля Багрянского, который служил связным между командным пунктом и засадой. Багрянский пробился и доставил приказ. Еврейские партизаны покинули засаду и пошли в бой. После ожесточенной схватки сопротивление сельчан было сломлено. Партизаны жгли дом за домом, от партизанских пуль погибло много крестьян, женщин и детей. Очень немногим удалось спастись. Село было стерто с лица земли.
Назавтра из Вильнюса на место прибыло в сопровождении солдат гестаповское начальство. Были сфотографированы развалины и тела убитых, а затем снимки опубликовали в качестве доказательства зверств "красных бандитов", безжалостно уничтожающих мирное население.
Сама операция и германская пропаганда взбудоражили всю округу. Штаб бригады предпринял контрмеры - по селам была распространена листовка, в которой рассказывалась правда о селе Конюхи и содержалось предупреждение, что всех сотрудничающих с врагом ждет такой же конец, зато те, кто помогают партизанам, будут вознаграждены.
Можно предположить, что на крестьян подействовали не столько увещания, агитация и листовки, сколько страх перед местью партизан. История села Конюхи надолго укротила другие села но всей округе.