После подписания перемирия де Голль понял, что английское командование получило всю полноту власти над колониальными владениями Франции — Сирией и Ливаном. Генерал потребовал пересмотра текстов соглашений, и Черчилль, хотя и с явным неудовольствием, был вынужден пойти навстречу де Голлю.
Позднее английский премьер говорил о де Гол-ле, что тот, являясь эмигрантом, приговоренным на родине к смертной казни, полностью зависимым от английского и американского правительств, тем не менее умело противостоял всему и всем, вызывая восхищение, даже совершая ошибки и просчеты.
Тем не менее, пойдя навстречу «Свободной Франции» в вопросах юрисдикции над Сирией и Ливаном, Черчилль некоторое время отказывался встречаться с генералом де Голлем. Этот эпизод дал повод некоторым деятелям «Свободной Франции» выразить неудовольствие авторитарными методами руководства организацией, однако де Голль сумел убедить соратников в своей правоте.
Двадцать четвертого сентября 1941 года де Голль утвердил Ордонанс о новой организации общественных властей «Свободная Франция», согласно которому учреждался Национальный комитет. Он будет являться органом государственной власти до тех пор, пока ситуация позволит провести свободные выборы на территории Франции. Национальный комитет возглавил де Голль. Он назначил министров (комиссаров) из числа своих сподвижников.
Деятельность каждого министра находилась под строгим контролем де Голля, и, когда однажды комиссар военного и торгового флота адмирал Мюзе-лье попытался противиться воле генерала, он был, несмотря на заступничество Черчилля, немедленно снят с поста и отстранен от участия в делах «Свободной Франции».
В середине того же года де Голль узнает, что на родине крепнет движение Сопротивления, состоящее из самых разнородных групп: социалистов, католиков, офицеров, предпринимателей, которые стремились к борьбе с оккупантами. Среди них было много тех, кто позже примкнет к де Голлю и на долгие годы свяжет свою судьбу с судьбой генерала. Это Эдмон Мишле, Жак Шабан-Дельмас, Жильбер Рено, Жан Мулен и другие.
Со временем Сопротивление стало внушительной и авторитетной силой, которую не мог не использовать в своей борьбе генерал. С 1942 года была установлена регулярная связь между «Свободной Францией» и Сопротивлением. Де Голль через своих представителей навел контакты практически со всеми группировками Сопротивления, которые имелись как на оккупированной, так и на неоккупированной территориях Франции.
Двадцать седьмого сентября глава французской администрации в Леванте подтвердил признание независимости Сирии, а двадцать шестого ноября — Ливана, где тотчас были сформированы национальные правительства. К 1943 году были проведены выборы в местные органы законодательной власти. Двадцать второго декабря 1943 года Сирия и Ливан, с одной стороны, и Франция — с другой, заключили соглашение о постепенной передаче управленческих функций правительствам Дамаска и Бейрута. Проще говоря, после подписания договора часть властных полномочий перешла к национальным правительствам, что означало предоставление ограниченного суверенитета странам Леванта.