Однако на фоне погрома в порту, эти утраты выглядели просто пустяками. И действительно, из находившихся в гавани 46 судов и кораблей, экипажи палубных самолетов потопили девять: американские транспорты «Мейгс» (7358 бр.т), «Портмар» (5551 бр.т), «Мауна Лоа» (5436 бр.т), «Дон Исидро» (3261 бр.т) и «Флореенс» (2638 бр.т), английский танкер «Бритиш Моторист» (6891 бр.т), транспорт «Зеландия» (6683 бр.т) и «Нептьюнэ» (5592 бр.т). Из числа имевшихся в порту немногочисленных боевых кораблей, союзники лишились эсминца «Пири». Еще 12 судов и кораблей оказались повреждены. Тяжелейший ущерб был нанесен портовым сооружениям, оборудованию и складам.
В тот же день был захвачен остров Бали, а 20 февраля на аэродромы Купанг и Дили (остров Тимор) был выброшен парашютный десант в количестве 450 человек, поддержанный 17 G3M из состава 1-й авиагруппы, в ходе бомбежки позиций зенитной артиллерии один бомбардировщик (командир экипажа лейтенант Норио Фукуока) сбит.
21 февраля 21 G4M из состава авиагруппы «Такао», сопровождаемые шестью «Зеро» (по три из состава 3-й авиагруппы и авиагруппы «Тайнань» атаковали суда в порту Сурабая. 16 Р-40 из состава 17-й эскадрильи перехватили вражеские самолеты на высоте 6000 м. На этот раз, несмотря на значительное численное превосходство противника, пилотам японских «Зеро» удалось сковать американцев, которые сбили только один бомбардировщик и три истребителя, потеряв двух своих.
В течение следующей недели японская авиация наносила регулярные удары по акватории порта Сурабая, но несмотря на периодически поступавшие «наверх» доклады о потопленных судах, списки потерь союзного тоннажа не подтверждают эти успехи.
24 февраля самолеты 22-й авиафлотилии (27 G3M из состава авиагруппы «Гензан» и шесть из состава «Каноя», с транспортными машинами перебазировались с Борнео на британский аэродром Р.И, находящийся в районе Палембанга (остров Суматра). Причем, японские зенитчики не ожидали появления своих бомбардировщиков и, открыв огонь, сбили один бомбардировщик из состава авиагруппы «Гензан».
Между тем, целенаправленные бомбежки Сурабайи, помимо оказываемого на защитников острова тяжелейшего морального давления, наносили и вполне ощутимый материальный ущерб.
Возможности порта по обработке грузов и судоремонту были сведены практически к нулю. Поврежденный 24-го числа близкими бомбовыми разрывами эсминец «Банкерт» (1316т) подвергся повторному налету 28 февраля и в тот же день затонул (после захвата японцами порта был поднят, отремонтирован и введен в строй японского флота). Еще одной жертвой экипажей G4M стал корабль ПВО «Схаутен», переделанный из грузового парохода (1805 бр.т). В ходе налета он был поврежден, а затем затоплен экипажем в проливе Мадура у острова Ява.