Пока происходила борьба за господство в воздухе над районом операции, японцы продолжали перегруппировку своей авиации в преддверии вторжения на Яву. В частности, на аэродром Р.И перебросили 25 бомбардировщиков из состава авиагруппы «Каноя» и 29 из состава «Гензан», а также пять А5М предназначенные для ПВО авиабазы. В тот же день все «тройки» были возвращены на базы в Индокитае, причем десять из них направили на авиабазу Каханг в провинции Джохор (Малаккский п-ов). Южнее Явы пять G4M из авиагруппы «Такао» патрулировали выходы в Индийский океан поджидая авиатранспорт «Лэнгли», направлявшийся в Чилачап.
А обстановка на море для союзников осложнялась с каждым днем. 27 февраля произошел знаменитый бой в Яванском море, в ходе которого из состава эскадры адмирала Доормана (два тяжелых и три легких крейсера, а также девять эсминцев) японцы потопили голландские легкие крейсера «Ява» и «Де Рейтер», а также три эсминца, не потеряв ни одного своего корабля.
На следующее утро японская базовая авиация начала охоту за оставшимися кораблями этого соединения и в 08:55 четверка G4M из авиагруппы «Такао» обнаружила в Яванском море легкий крейсер и три эсминца. Одновременно японцы продолжали караулить у выходов в Индийский океана авиатранспорт «Лэнгли», который по данным разведки с грузом американских истребителей направлялся на Яву.
Днем в 14:37 восьмерка G4M из состава авиагруппы «Каноя» атаковала остатки соединения адмирала Доормана, но попаданий в корабли зафиксировано не было. Примерно двумя часами позже появились еще пять самолетов, но и их экипажи промахнулись. Около 18:00 над кораблями появились еще восемь бомбардировщиков, но и на этот раз бомбовые разрывы легли мимо. Вскоре начало темнеть и казалось, что в сгущавшихся сумерках корабли союзников смогут ускользнуть от преследователей. Однако около 21:30 в сумрачном небе вновь послышался гул моторов и на корабли вновь посыпались бомбы. Так как атакующие были плохо видны, то зенитный огонь не мог быть эффективным, в результате чего два бомбовых попадания получил английский эсминец «Юпитер», затонувший в 21:37.
Союзное командование в сущности понимало, что исход борьбы за Яву, как впрочем и за господство на тихоокеанском ТВД, будет решаться в воздухе, но вместо того, чтобы быстро создать авиационную группировку, медлило с принятием решений. В результате чего большая часть цепочки островов, связывающих Яву с Австралией, вскоре была в руках японцев, а сама Ява в конце концов оказалась изолированной. В обстановке неразберихи и бестолковщины, царившей в союзных штабах, была предпринята попытка доставить на Яву хотя бы небольшое количество самолетов и в результате, в тот же день, в 75 милях к югу от острова разыгралась другая драма.