Во II в. христиане могли существовать и действовать преимущественно нелегально; отказ участвовать в культе императора (и вообще римских божеств) по закону карался смертью, хотя эта кара не всегда применялась. Мученичества христиане даже искали, потому что оно считалось вернейшим залогом загробного блаженства; во всяком случае, мученичество поражало умы и привлекало к христианам новых сторонников. Вскоре мучеников стали считать святыми, к которым обращались за заступничеством (так же как к апостолам и к Марии, матери Иисуса): создались как бы культы этих святых, хотя они не считались богами или полубогами. В III и самом начале IV в. жестокие преследования христиан возникали лишь время от времени (при императорах Деции и Диоклетиане), и открытое следование христианскому культу стало самым распространенным явлением. Соответственно нравы и быт христиан стали гораздо менее строгими; учение апостолов свободно сосуществовало теперь с прежним повседневным бытом крестьян, горожан, рабов, воинов или чиновников. Даже священники и епископы вели обычную семейную жизнь. В конце концов христианское движение в его ортодоксальной форме поддержали те самые земельные магнаты, использовавшие труд колонов, которые, как и христианство, хотя и в другой форме, противопоставляли себя косной силе империи (хотя христианское течение донатистов(Донатисты упрекали христианскую церковь в отступлении от чистоты и идеалов погибших мучеников и осуждала светскую жизнь духовенства.) составило идеологию агонистиков, восставших против этих магнатов в IV в.).
В IV в. возникла новая волна анахоресиса. Новые анахореты, или монахи («одинокие»), как они теперь назывались, бежали в пустыню уже не столько от римских налогов и вымогательств и не от принудительного императорского культа, сколько стремясь тем в большей мере соблюдать аскетические идеалы раннего христианства, чем больше эти идеалы исчезали из повседневного быта светских христиан. Монахи возлагали на себя религиозный обет большей или меньшей строгости, обязывающий к целомудрию, соблюдению постов, изнурению себя молитвами, трудом и обрядовыми упражнениями (например, поклонами); мыться считалось непростительной изнеженностью. Некоторые монахи были отшельниками и жили в полном одиночестве (в Месопотамии — нередко на отдельных башнях, или «столпах»); другие жили единым общежитием в монастырях за высокой стеной, со своей общей трапезной и церковью. Места для своего духовного спасения монахи избирали в пустыне, вначале главным образом в Египте, затем на Синае, в Палестине, Малой Азии, Месопотамии. Где не было пустынь, выбирались уединенные лесные или горные места.