Чтобы сделать приятное композитору, Красногорская избрала местом действия «Тайны» город Бэздез; вблизи него были расположены Ябкеницы, где жил Сметана. Композитор не раз бывал там и хорошо знал жизнь этого небольшого городка.
Сюжет «Тайны» целиком был придуман самой Красногорской. Это вновь рассказ о верной любви.
Двадцать лет хранит верность своему возлюбленному Калине панна Роза. Соединить свою жизнь с ним помешал ей в свое время брат Малина, считавший Калину недостаточно богатым женихом. За это время Калина успел уже жениться на другой девушке, родившей ему сына, и овдоветь. Но до сих пор он не может простить своему соседу Малине, что тот не отдал за него свою сестру Розу. Мало того, что Малина разбил его счастье, теперь он не разрешает своей дочке Блаженке выйти замуж за сына Калины — молодого охотника Вита. Во время традиционного празднества, устроенного Малиной в ознаменование окончания жатвы, а Калиной — по случаю завершения постройки нового дома, назревает ссора. Тщетно пытается певец Скрживанек предотвратить ее, прославляя обоих соперников… В этот момент среди балок старого дома Калины старик Бонифац обнаруживает пергамент. В нем некий брат Барнабаш рассказывает, как нужно вести в городе подкоп, чтобы добыть драгоценный клад. С наступлением ночи Калина отправляется на указанное место и начинает рыть подземный ход. И вдруг он приводит Калину в комнату Розы. Она, именно она, и есть для Калины настоящий клад.
Этот сюжетный ход одно время побуждал Сметану назвать свою оперу «Клад». Был и другой вариант — «Старая любовь», но в конце концов композитор сохранил название «Тайна», данное опере Элишкой Красногорской.
Тема «тайны» проходит через всю музыку оперы. Окрашенный в патетические тона, этот мотив появляется в первых тактах увертюры. Он звучит и в сцене, когда Бонифац находит пергамент, и во вступлении ко второму действию, когда Калина начинает искать «клад». Яркую, мажорную окраску приобретает эта тема, достигая кульминации в тот момент, когда Калина, наконец, находит свой клад в старой любви Розы. В победе настоящего, цельного чувства и заключается содержание «Тайны». Искренняя любовь всесильна. Спесивый богач Малина дает свое согласие на брак сестры с Калиной и Блаженки с Витом. Верность в любви и дружбе, побеждающая все раздоры, воспевается в заключительной сцене оперы.
Как всегда у Сметаны, стержневой мотив, а им в этой опере является тема «тайны», скрепляет всю музыкальную ткань и помогает слушателю понять идейно-эмоциональную сущность произведения. Вместе с тем партитура оперы изобилует жанровыми сценами, согретыми порой неподдельным юмором. Картины молотьбы хлеба и народного праздника g его песенно-танцевальными эпизодами — это сочные зарисовки чешской жизни. Четкие музыкальные характеристики отличают всех персонажей оперы, начиная от лирических образов влюбленных друг в друга Вита и Блаженки и кончая комической фигурой болтливого звонаря Йирки, который разгласил по всему городу «тайну» брата Барнабаша, изложенную на старом пергаменте.