Одновременно с этим продолжала развиваться сеть приемных пунктов для военнопленных. Если в 1941 году их было 19, то в 1942 году количество приемных пунктов увеличивается до 33. На 1 января 1943 года их было уже 44, а к 1944 году, в соответствии с обстановкой на фронтах, количество приемных пунктов, расположенных в тыловых районах действующей армии, возрастает до 68 единиц. Причем УПВИ НКВД СССР на достигнутом не останавливается — дальнейшее продвижение на запад частей Красной Армии вело к расширению сети мест сбора и временного содержания военнопленных. Увеличение их количества позволило УПВИ удовлетворить потребности фронтов и более или менее успешно решать задачи, связанные с приемом пленных от передовых подразделений армии, распределением их по различным лагерям в соответствии с их воинскими званиями и национальностью.
Схема приема и передачи военнопленных в приемные пункты и лагеря для военнопленных была такова: сначала пленных передавали на приемные пункты военнопленных (ППВ), находившиеся в 20–30 км от линии фронта. Далее их передавали на сборные пункты военнопленных (СПВ), располагавшиеся в 50–70 км от переднего края. После первичной санитарной обработки пленных транспортировали во фронтовые nриемно-пересыльные лагеря (ФППЛ), дислоцированные в 100–150 км от фронта. Затем после непродолжительного нахождения в ФППЛ и оформления соответствующей документации военнопленных направляли уже непосредственно в тыловые стационарные лагеря, где их распределяли по различным лагерным отделениям.
Несмотря на то что УПВИ НКВД СССР не претерпело серьезных структурных изменений вплоть до конца 1944 года, кадровых перестановок избежать не удалось. В июле 1941 года происходят первые кадровые изменения в руководстве Управления. В результате слияния народных комиссариатов внутренних дел и государственной безопасности в один наркомат обязанности по наблюдению за деятельностью УПВИ были возложены на И. А. Серова. 12 февраля 1943 года начальником УПВИ НКВД СССР был назначен генерал-майор И. А. Петров, ранее возглавлявший войска НКВД Западного фронта. Полковник государственной безопасности П. К. Сопруненко с 12.02.1943 становится заместителем начальника УПВИ НКВД СССР. В том же 1943 году вновь происходит замена куратора УПВИ — на место Серова назначается заместитель народного комиссара внутренних дел СССР С. Н. Круглов.
Произведенные перестановки должны были улучшить координацию действий Красной Армии, УПВИ и НКВД по доставке пленных из приемных пунктов в тыловые лагеря и улучшить положение с военнопленными в самих лагерях НКВД, которое в это время было катастрофическим из-за высокого процента заболеваемости и смертности контингента.