Следующим этапом изменений в структуре УПВИ было переименование 11 января 1945 года данной организации в Главное Управление по делам военнопленных и интернированных (ГУПВИ). В связи с этим произошли очередные кадровые перестановки. Начальником ГУПВИ был назначен генерал-лейтенант И. А. Петров. 2 февраля 1945 его сменил генерал-лейтенант М. С. Кривенко, бывший до этого заместителем начальника Главного управления пограничных войск НКВД СССР Первым заместителем и начальником оперативно-чекистского отдела был назначен комиссар госбезопасности 3-го ранга Б. З. Кобулов. Заместителями стали: комиссар госбезопасности Н. Т. Ратушный, комиссар госбезопасности С. И. Шемен, полковник И. П. Воронов (начальник фронтового отдела ГУПВИ). Было создано еще восемь отделов: общий, охраны и режима, трудового использования, санитарный, квартирно-эксплуатационный, материально-технического обеспечения и отдел по вопросам интернированных. Создание последнего отдела было продиктовано необходимостью — в сентябре 1944 года Финляндия выходит из войны, а в октябре 1944 года советские войска выходят на границу Восточной Пруссии. В октябре 1944 года принимается решение о создании дополнительных, фронтовых сборно-пересыльных пунктов уже не только для приема бывших военнопленных, но и репатриируемого гражданского населения. В их задачу входила, помимо медико-санитарной, политико-воспитательной и просветительской работы с поступающим контингентом, фильтрация, то есть отделение бывших военнопленных РККА от гражданского населения с последующей передачей первых в распоряжение действующей армии.
20 февраля 1945 года в ГУПВИ происходят очередные структурные изменения. В соответствии с приказом НКВД СССР № 00 100 в составе ГУПВИ были организованы три новых управления:
— Управление по делам военнопленных. Начальником назначен комиссар госбезопасности Ратушный;
— Управление по делам интернированных и мобилизованных — начальник — комиссар госбезопасности Шемен;
— Оперативное управление. Его начальником был назначен по совместительству комиссар госбезопасности 3-го ранга Кобулов. Вновь созданное Управление ранее было Оперативным отделом ГУПВИ.
Помимо этого, Отдел спецлагерей НКВД СССР был переименован в Отдел проверочно-фильтрационных лагерей НКВД СССР. Соответственным образом изменили названия и лагерям.
В результате этих организационных изменений было утверждено «Временное положение об Управлении (Отделе, Отделении) НКВД союзных и автономных республик и УНКВД краев и областей по делам военнопленных и интернированных».