Заключительный этап Второй мировой войны — война с Японией. После ее окончания в системе ГУПВИ действовало 267 лагерей для военнопленных.
По мере репатриации пленных происходит и сокращение аппарата Управления. В июне 1951 года в связи с уменьшением количества лагерей и содержащегося в них контингента ГУПВИ реорганизуют в Управление МВД СССР по делам военнопленных и интернированных. Начальником назначается генерал-лейтенант Кобулов. В составе УПВИ оставляют всего три отдела: учетно-справочный, организационно-хозяйственный и оперативный, штат Управления сокращают до 39 человек.
В октябре 1950 года в составе Управления создаются девять специальных лагерей МВД для осужденных военнопленных и интернированных. К августу 1951 года завершается основной этап репатриации пленных и интернированных. В СССР остается около 22 тысяч бывших пленных и гражданских лиц, в отношении которых решается вопрос об их репатриации.
20 апреля 1953 года в связи с завершением репатриации военнопленных и гражданских лиц Управление по делам военнопленных и интернированных МВД СССР было ликвидировано, а его функции передали Тюремному управлению МВД СССР.
Итак, УПВИ НКВД с момента своего образования являлось главной организацией, от которой зависели судьбы миллионов людей. Организацией, отвечающей за прием и содержание всех пленных, захваченных Красной Армией и находящихся как на территории Советского Союза, так и за его пределами. Более того, УПВИ отвечало и за фильтрационные проверки граждан СССР — бывших советских пленных, вышедших из окружения бойцов и командиров РККА, а также репатриируемых гражданских лиц. Несмотря на то что Управление несколько раз меняло название и менялись его руководители, его задачи и функции практически не изменялись. За время существования УПВИ НКВД через его лагеря прошли свыше 5 млн человек, представителей 37 национальностей.