С этого момента конфликт, столь искусно устраненный в теории, делается неизбежным на практике. Раз религия хочет властвовать над телами так же, как она властвует над душами, а наука хочет властвовать над душами так же, как она властвует над телами, они неизбежно должны столкнуться и возникает вопрос, чем должна разрешиться эта распря.
Многие, без сомнения, будут по прежнему настаивать на том, что самый простой выход — поддержать путем взаимных предосторожностей компромисс, обеспечивающий мир; констатируя, что самим им очень сладко дремлется на этой мягкой пoдушке чуждого всякой любознательности квиетизма, они станут жаловаться на тот шум, который поднимают вокруг них другие и который угрожает нарушить их мирный сон. Много найдется таких, которые, ссылаясь на выдающиеся умственные дарование людей, подобных Фоме Аквинскому, Декарту, Мальбраншу, Лейбницу, будут спрашивать, почему же современники их не хотят более обращаться к тем аргументам, которыми довольствовались эти мыслители, и начнут обвинять необузданную критику в той прискорбной утрате авторитета, которая постигла развенчанных классиков. Но человеческое сознание, рассматриваемое в его непрерывном развитии в течение ряда веков, не совпадает с навыками мышление тех или иных отдельных индивидуумов, как бы ни были они многочисленны, какими бы выдающимися познаниями и талантами они ни отличались. Познание есть координирование, а следовательно сличение различных идей, порождаемых опытом; оно есть усилие, направленное к тому, чтобы установить среди идей согласие, гармонию, путем ли приспособление их друг к другу, или путем устранение одних из них в пользу других. Вот почему наличность столкновение между наукой и религией неизбежно приводит рано или поздно к тому, что сознание сравнивает науку и религию, дабы решить, может ли оно, не приходя в противоречие с самим собою, сохранить в той или другой форме их обеих, или же ему приходится выбросить одну, чтобы сохранить другую.
И само собою разумеется, что, разбираясь в этой неустранимой проблеме, сознание может вдохновиться той или другой доктриной, высказанной некогда тем или другим великим мыслителем; но оно может только вдохновиться ей, а отнюдь не реставрировать ее во всей ее неприкосновенности, — ибо в высшей степени неправдоподобно было бы, если бы среди явлений, порожденных великими революциями, не возникло нового элемента требующего коренного изменение позиции.
Это сознание неизбежности очной ставки между наукой и религией возникло почти у всех мыслителей, занимавшихся этим предметом на исходе второй трети XIX века. Мыслителей этих можно разделить на две группы, смотря по тому, являются ли они преимущественными сторонниками натуралистического или спиритуалистического направления. Во главе первой группы стоит Огюст Конт.