Однако первые изъяны, выявившиеся в «столь ценном самоцвете», как называли Каледонию, уже начинали внушать беспокойство. С каждым днем колонисты узнавали о новых фундаментальных недостатках нового дома. Наиболее неприятным открытием стала погода, сырая и ветреная с первого дня их появления и не желавшая исправляться. От сырости гнила одежда и плесневела провизия, душная жара отбивала всякое желание трудиться. Еще большее уныние одолевало работавших в поле, видевших, как мало эффекта дает борьба с зарослями, и начинавших подозревать, что им никогда не удастся расчистить поля. Сооружение форта Сент-Эндрю потребовало много рабочих рук, и полевые работы настолько задержались, что совет осознал: колонии придется полагаться на привозную провизию, по крайней мере в первый год. Затем многих из работавших поразила странная, неизвестного происхождения лихорадка, вызывавшая рвоту и сильнейшую вялость. Все больше и больше было случаев кровавого поноса, от которого многие больные так и не оправились. Каждую неделю на кладбище, разбитом позади форта, хоронили один или два трупа, и кое-кому из шотландцев оказалось не по силам постоянное напряжение. Двое из рабочей партии впали в безумие и попытались сбежать в лес. Они сами не знали, куда им деваться, разве только поселиться с индейцами, так что их скоро изловили и привели назад в кандалах. Воровство, пьянство и нарушения дисциплины стали обыденными явлениями, а работы на полях и на складах шли все медленнее по мере того, как шотландцы утрачивали энтузиазм относительно новой, якобы более счастливой страны.
Фактически большая часть трудностей проистекала из неумелого руководства колонией. Теперь с необычайной ясностью проявилось, как неразумно было распылять власть между десятком дилетантов. Кое-кто из советников обладал достаточным здравым смыслом и энергией, чтобы удержать колонию, но их сковывала нерешительность коллег. В довершение бед некоторые советники привезли с собой старые ссоры, которые теперь прорывались вспышками раздражения, усиливавшегося пьянством. Особенно трудно было иметь дело с командором Пенникуком, затевавшим перебранки и с сухопутными, и с морскими офицерами. Возникла угроза мятежа, и группа офицеров стала поговаривать о захвате власти или о возможности похитить один из кораблей и самостоятельно вернуться в Шотландию. Патерсон, который, возможно, сумел бы примирить ссорящихся советников, снова был на грани нервного срыва. Его жена умерла вскоре после прибытия флота на Дарьен, умер и слуга, и для него должно было стать совершенно очевидным, что его «великая империя» — лишь призрак. Однако, в прямом противоречии со сгущающимся унынием, первый официальный доклад совета в Эдинбург еще цеплялся за миф о Золотых Антилах. Закрывая глаза на удлиняющийся список потерь и на почти нераспаханные поля вокруг бухты, советники храбро рапортовали, что «богатство, плодородие, здоровый климат и удачное расположение страны позволяют ожидать большего, нежели мы смели рассчитывать». Каледония, говорили они, это настоящий сад, в котором даже вершины гор и холмов покрыты слоем хорошего плодородного суглинка в три или четыре фута. Превосходно ловится рыба, хороша охота на птицу и зверя, и воздух лишен «тех убийственных возмущений, что так обычны в Англии и на других островах Америки». Единственным намеком на то, что не все, может быть, идет столь уж гладко, была просьба прислать двух новых пасторов на замену умершим и о грузе провизии и более подходящих для торговли товаров.