По традиции Тайная экспедиция занималась и преследованием раскольников.
Управитель Коростинской дворцовой волости Новго родской губернии асессор Будаков избиениями, денежными вымогательствами, различными поборами, изнурительной работой довёл в 1762 году крестьян-раскольников этой волости до крайнего возбуждения.
Попытка Будакова силой заставить раскольников деревни Псижи посещать церковь переполнила чашу их терпения. Раскольники решили предать себя огню. Руководителем этого своеобразного протеста был крестьянин деревни Псижи – «наставник» местных раскольников Ефим Петров. По предложению Петрова крестьяне отказались от выполнения всех работ и через некоторое время собрались в молельный дом для самосожжения.
Однако до этого дело не дошло. Явившаяся команда рассеяла собравшихся. После чего раскольникам зачитали определение Сената, в котором наряду «с увещеванием» отступиться от «раскольничьей ереси» говорилось, что претензии крестьян к управителю Будакову будут рассмотрены комиссией.
Ефим Петров, допрошенный по этому делу, от имени крестьян заявил: «… когда их ни в чём изнурять не будут, они будут жить, а если будет какое притеснение, то могут и опять собраться».
Прямая зависимость между притеснениями, чинимыми управителем, и твёрдым намерением крестьян предать себя огню была настолько очевидной, что даже чиновники Тайной экспедиции поняли, что в этом случае одним лишь применением репрессий к раскольникам ограничиться нельзя. Решили воинскую команду из волости вывести, а. Будакова направить управителем в другую волость. Ефим Петров был без наказания освобождён из Тайной экспедиции.
В 1776 году Тайная экспедиция вела розыск по двум раскольничьим делам. Первое по доносу Гриненкова, священника Чугуевского уезда, на однодворца Пирожкова, и второе по доносу монахини Енисейского Богородицкого монастыря Феодотии. Пирожков обвинялся в том, что «в церковь никогда не ходит, говоря якобы Бога нет, причём, имеющиеся в доме своём иконы на землю бросал, сняв с себя святой крест, говорил, что де врага на себе ношу, бросал на землю, топтал ногами».
В Тайной экспедиции Пирожков во всём признался, но был освобождён без наказания после того, как объявил о своём желании «присоединиться к церкви».
Монахиня Феодотия обвиняла енисейских мещан «в приведении её и других тамошних жителей в квакерскую ересь». Феодотии «за раскаяние и что она других от заблуждения отвратила» Тайная экспедиция выдала 100 рублей. Дело мещан прекратили, поскольку они, «раскаявшись в заблуждениях, обратились к церкви».