Дело мещанина Алексеева, сыск по которому производился Тайной экспедицией в 1797 году, закончился значительно хуже для обвиняемого. Объясняется это тем, что в богохульных словах, произнесённых в Вытегрской церкви, Алексеев не только заявил о своём отрицательном отношении к греко-католической религии, но и о непризнании Павла I главою церкви. Алексеева отправили в Соловецкий монастырь на год.
Профессор Московского университета Иоганн Мельман был обвинён в том, что в своих лекциях по греческому и латинскому языкам он утверждал, что «религия христианская должна основываться не на слове Божьем, а на рассудке человеческом и на философии», что «просвещение и нравоучение можно более почерпнуть из языческих писателей, нежели из церковных учителей». Конференция Московского университета под председательством Фонвизина исключила Мельмана из университета, а после он предстал перед судом Тайной экспедиций. Его выслали из России.
Несмотря на то, что в работе Тайной экспедиции основное место принадлежало политическому розыску, в отдельных случаях это учреждение занималось сыском и по делам, не имеющим прямого отношения к политическим преступлениям.
В таких случаях Тайная экспедиция выступала в качестве карательного органа императрицы по отношению к тем лицам, которые своим поведением вызывали её гнев или раздражение.
В начале царствования Екатерины фрейлины её двора графиня Эльмит и графиня Бутурлина посплетничали по поводу женских качеств императрицы. Последней стало известно об этом в тот же день, и назавтра фрейлины оказались в Тайной экспедиции, где и были допрошены с пристрастием. И после соответствующего внушения высланы в свои деревни.
Раздражение Екатерины вызвал тайный брак между генерал-поручиком графом П.Апраксиным и Елизаветой Разумовской без разрешения родителей невесты. По поручению императрицы это дело расследовалось в 1776 году и закончилось заключением Апраксина сперва в петербургскую крепость, а затем высылкой в Казань.
В начале 1775 года дворцовый полотёр Тимофей Теленков, увидев в дворцовой зале великого князя Павла Петровича, опустился перед ним на колени и хотел обратиться к нему с просьбой, но от волнения сказать ничего не мог. Сразу же после этого Теленков был доставлен в Тайную экспедицию, где признан «в помешательстве ума» и отправлен к родным для присмотра.
Указом 1776 года крестьяне не только лишались права жаловаться на своих помещиков, но и по известным «первым двум пунктам». До указа, невзирая на то что жалобам крестьян органами политического розыска не придавалось большого значения, Тайная экспедиция была обязана производить розыск по этим доносам. После указа подача подобных жалоб сама до себе становилась преступлением, каравшимся плетьми и ссылкой на каторгу на месяц за подачу жалобы в первый раз, плетьми и каторгой на год – во второй раз и ссылкой на вечную каторгу в Нерчинск за подачу жалобы в третий раз. Естественно, это не могло не привести и действительно привело к сокращению одного из главных источников получения информации о политических преступлениях, какими были до сих пор доносы, или «изветы». В результате этого Тайная экспедиция именно тогда приступила к созданию специальной секретной агентуры, которая должна была собирать информацию о политических настроениях различных социальных групп и вести наблюдение за поведением опасных, по мнению правительства, лиц.