Конечно, Ми-6 не лез в самый огонь (участие его в десантировании планировалось только во второй волне нападавших), но появление ПЗРК сделало опасными их «родные» высоты. Еще в 1982 г. на Ми-6 перестали выполнять полеты на ПМВ. Набор высоты стали проводить в охраняемой зоне аэродрома. Постепенно нормой для крейсерского полета стали 4000–5000 м. Ми-6 позволял забираться и выше — более чем на 6000 м, что и выполнялось экипажами. Однако такие полеты в негерметичной кабине без кислородного оборудования были небезопасны, а возить с собой кислородные баллоны, могущие взорваться при малейшем осколке или пуле, было рискованно, хоть и неизбежно. К тому же это противоречило существовавшей инструкции, оговаривавшей максимальную высоту полета в 4000 м. Чтобы снять это ограничение, осенью 1986 г. в Кагане были проведены специальные испытания с участием ведущих инженеров МВЗ им. МЛ. Миля. По итогам испытаний было разработано методическое дополнение к Инструкции экипажу, которым устанавливалась максимальная высота полета 6000 м при взлетной массе не более 38 т (нормальная 40,5 т). С 1986 г., когда угроза обстрела ракетными комплексами стала особенно сильной, абсолютное большинство полетов на Ми-6 стали выполнять ночью. Старались работать парами и, набрав в охраняемой зоне 2500 м, отходили от аэродрома с последующим набором высоты до 4200–4500 м. На этом эшелоне Ми-6 мог свободно лететь со скоростью 180–200 км/ч, что на 50–70 км/ч превышало возможности Ми-8МТ. При следовании в боевом порядке один вертолет шел на 300 м ниже другого с 5-минутным интервалом, сзади их прикрывала пара Ми-8. Бортовые огни включались только на взлете и посадке, радиопереговоры в воздухе сводили к минимуму. И ошибки в пилотировании ночью были неизбежны. В 1986 г. ночью в районе площадки Шахджой Ми-6 зашел на посадку без видимости земли с большой вертикальной скоростью и оказался буквально размазанным по земле. Из всего экипажа в этой катастрофе выжили только командир и штурман. Как показало расследование, причиной катастрофы стала неправильная установка высотомера. В марте 1988 г. при ночной посадке в Файзабаде летчик из недавнего пополнения кундузского 181-го ОВП л-нт Захарченко стал слишком рано снижаться при заходе на посадку и на скорости ок. 120 км/ч зацепил передней стойкой дувал близлежащего дома. Экипаж не пострадал, но вертолет разрушился и полностью сгорел. И все же меры по изменению методик полета в Афганистане принесли свои плоды — разбитый в Файзабаде Ми-6 стал единственной машиной этого типа, потерянной в 1987–1988 гг.