В Москву вернулись в ноябре. А после праздников Рождества на заседании Думы Иван Васильевич внезапно проявил себя Грозным. Приказал арестовать предводителя Шуйских, бывшего псковского вора Андрея. Его передали псарям, и они князя до тюрьмы не довели, убили по дороге. А уж после этого, задним числом, были оглашены его вины — ограбление дворян, насилия над крестьянами и горожанами, бесчинства его слуг. Был ли Шуйский убит по приказу государя? Или бояр? Или сами псари отыгрались на ненавистном временщике? Неизвестно. Версии разных летописцев отличаются. Но в любом случае, сценарий представляется многозначительным. Великий князь и поддержавшие его бояре считали себя не в силах легитимными средствами избавиться от узурпатора! Предать его суду и казнить по закону получалось невозможно или слишком опасно. Даже арестовать и конвоировать его поручили холопам-псарям! Не были уверены, что такой приказ выполнят придворные и военные. Отметим, государевы псари жили не в Москве, а в тех слободах, куда он выезжал на охоты. Следовательно, команду из них сформировали там же, привезли с собой.
Расправу над Андреем Шуйским летописец комментировал с явным одобрением: «От тех мест начали боляре боятися, от государя страх имети и послушание». После того как клан «принцев крови» был обезглавлен, последовали наказания соучастников преступлений. Посадили в тюрьму Ивана Кубенского, сослали в разные города Федора Скопина-Шуйского, князя Юрия Темкина, Фому Головина и других клевретов вчерашних правителей. Афанасию Бутурлину за поносные слова в адрес государя урезали язык.
Править самостоятельно великий князь еще не мог. И он попытался создать опору из старомосковского боярства — Захарьиных-Юрьевых, Морозовых, пожаловал в бояре пострадавшего Федора Воронцова. Приблизил и братьев матери Михаила и Юрия Глинских. На кого же было рассчитывать, кроме как на родственников? Кроме того, великий князь ввел новый придворный чин, стольников. Они набирались из молодых аристократов, на парадных пирах прислуживали за государевым столом. Но этим их обязанности, конечно, не ограничивались. Стольники были примерно одного возраста с Иваном, должны были стать его будущими сподвижниками, из них он выбирал достойных для ответственных поручений.
Однако указание летописи насчет «страха и послушания» осталось лишь благим пожеланием. Боярские роды были переплетены между собой, за наказанных тут же нашлись заступники, поручители. Так, Кубенский, один из главных виновников беззаконий, отсидел лишь 5 месяцев, и по многочисленным ходатайствам был прощен. А новая опора государя получилась ненадежной. В стольники попадали потомки тех же князей и бояр, прочно связанные со своими кланами. Глинские никогда не занимали важных постов, в государственных делах были совершенно неопытными. А Воронцов, очутившись в фаворе, зазнался, стал претендовать на роль нового временщика. Вскоре последовала новая полоса опал за различные вины и злоупотребления. Под них попали тот же Кубенский, Петр Шуйский, Горбатый, Палецкий, и вместе с ними — Воронцов. Расположение государя он сразу же использовал в далеко не лучших целях, и потерял его. Впрочем, и эти наказания были недолгими. Родственники уговорили заступиться митрополита, и все получили прощение.