Для решения накопившихся проблем был назначен Освященный Собор. Но в период его подготовки так же, как и в царствование Василия III, разгорелся вдруг спор о церковной собственности. И на этот раз ярым апологетом «нестяжательства» выступил не кто иной как… Сильвестр. Впрочем, сам он был весьма увертливым царедворцем и от конфликта с митрополитом предпочел уклониться. Он лишь настраивал царя соответствующим образом. А для подкрепления привлек «старца» Артемия Пустынника, личность достаточно странную и сомнительную. Сперва он подвизался в Псковско-Печерском монастыре, отправился в Ливонию, имел какие-то беседы с заграничными богословами. А после этого ушел в «заволжские обители». Сильвестр откуда-то знал о нем, извлек из «пустыней» и представил Ивану Васильевичу. По протекции всемогущей «избранной рады» никому не ведомый «старец» был одним махом возведен на высокий и почетнейший пост, игуменом Троице-Сергиева монастыря! Вместе с Сильвестром он принялся поучать царя «села отнимати у монастырей».
Но царь впервые нарушил безоговорочное повиновение Сильвестру. Слушал не только его и Артемия, а беседовал с митрополитом и выработал с ним компромисс. Церковная и монастырская собственность сохранялась и признавалась неприкосновенной. А в казну изымались земли, переданные боярами во время малолетства Ивана, а также взятые монастырями у детей боярских и крестьян «насильством», за долги (это было незаконно, земли детей боярских и черносошных крестьян принадлежали государю). Впредь была запрещена покупка монастырями вотчинных владений без доклада царю. Ну а Артемий пробыл игуменом лишь полгода. Монахи заподозрили, что их настоятель, скажем так — не совсем православный, и он поспешил удалиться. Объявил царю в «нестяжательском» духе, что намерен «питатися от рук своих». Но ушел отнюдь не в скит, а в богатый и многолюдный Порфирьев монастырь.
Церковный Собор открылся в феврале, он получил название Стоглавого (его постановления составили 100 глав). Начал Иван IV опять с покаяния за те безобразия, которые творились в его юные годы. Просил у иерархов Церкви на будущее: «Не щадите меня в преступлениях, смело упрекайте мою слабость; гремите словом Божьим, да жива будет душа моя!» Собор рассмотрел и утвердил Судебник, проблемы монастырского землевладения. Для выработки общих церковных правил председательствовал сам царь, формулировал наболевшие вопросы, а духовенство обсуждало их. Решения были так и озаглавлены: «Царския вопросы и соборные ответы о многоразличных церковных чинех». Они были направлены на унификацию обрядов и норм церковной жизни, исправление нарушений. Категорически запрещалось ростовщичество, пьянство. Обращалось внимание на опасность лжепророков и ересей [130].