Чтобы обрести «высшую мудрость», изыскивались переносные смыслы в текстах Священного Писания, изучались темные сакральные культы Древнего Востока, языческие мистерии. Гностицизм взаимодействовал с различными религиями: зороастризмом, иудаизмом, исламом, христианством. А в результате возникали секты манихеев, маздакитов, каббалистов, карматов, исмаилитов, хуррамитов, павликиан, богумилов, катаров, вальденсов. Все они были деструктивными, претендовали на переустройство мира по собственному разумению. Поэтому почти во всех странах они преследовались.
На некоторое время подобные сектанты смогли взять верх в Византии, что проявилось в ереси иконоборчества, жесточайших преследованиях Православия, казнях священнослужителей, погромах монастырей. В XII–XIII вв. ересь альбигойцев распространилась в Южной Франции, и борьба с ней вылилась в затяжные войны. А в период крестовых походов ересью заразился орден тамплиеров-храмовников. Он был создан для защиты храма Гроба Господня в Иерусалиме, но скатился до дьяволопоклонства, а под «храмом» стали пониматься тайные знания. После эвакуации тамплиеров во Францию сведения о сатанинских обрядах дошли до властей, и в 1307 г. орден был ликвидирован, его руководителей казнили.
Но ереси не исчезали. Общины вальденсов сохранялись в Альпах. Остатки альбигойцев, тамплиеров и пр., существовали тайно. А каббалисты сомкнулись с ортодоксальными иудеями. Классический иудаизм стал при этом религией для большинства, а каббала — для избранных. В средневековой Европе евреев не особо жаловали. Гражданских прав не давали, селиться разрешали в лишь особых кварталах-гетто. Но в деньгах евреев нуждались короли, герцоги, рыцари, оказывая им свое покровительство. А гетто разных городов и стран поддерживали связи между собой, соплеменники жили в них по своим законам, и местные властители не интересовались, что там происходит.
В исламском мире отношение было более лояльным. Здесь иноверцам достаточно было платить дополнительный налог. Еврейские общины занимали видное место в торговле, мудрецы-каббалисты ценились при дворах монархов, в центрах мусульманской науки. Особенно славился такими учеными Кордовский халифат в Испании. Сюда приезжали пополнять образование и христиане, изучали труды по медицине, астрологии, философии, нужные для богословов древнееврейский и греческий языки. А заодно уносили в душе семена ересей.
Благоприятные условия для их прорастания создала эпоха Возрождения. Разложение католической церкви вызывало возмущение верующих, появились сторонники реформ. В Англии их начал проповедовать Джон Уиклиф, и возникла секта лоллардов, выступавших против церковной собственности, святынь, умалявших роль священнослужителей. Восстание лоллардов в 1414 г. было подавлено. Но в Праге выступил последователь Уиклифа, Ян Гус. В 1415 г. его осудили на соборе в Констанце и сожгли. Однако казнь популярного проповедника вызвала восстание в Чехии. Реформаты объявили войну Риму и императору, истребляли католиков, громили храмы и монастыри, вторгались опустошительными рейдами в соседние страны. Немцы, поляки и венгры, в свою очередь, двинули войска против чехов.