По крайней мере нам известно, что военные предоставили Хрущеву несколько альтернативных возможностей, но его выбором стала максимальная опора на ядерное оружие. На документе от 7 сентября за его подписью Хрущев лично, собственной рукой начертав резолюцию, санкционировал отправку ядерных бомб для бомбардировщиков ИЛ-28 и ракет типа «Луна». Министерство обороны предложило два или три подразделения с числом ракет от 8 до 12 Хрущев, демонстрируя свою озабоченность и свою веру в тактическое ядерное оружие, сделал выбор в пользу большего количества Однако он решил не посылать подразделения крылатых ракет Р-11.
Хрущев отдавал себе отчет в важности решения, которое он принял, и он предусмотрел меры, чтобы сохранить прямой контроль над этим особенным оружием Через день после того, как он одобрил новые поставки, Министерство обороны подготовило приказ, разрешающий советскому командующему на Кубе генералу Исе Плиеву применять тактическое ядерное оружие в случае, если связь с Москвой будет нарушена и начнется агрессия против Кубы. Такой приказ должен был иметь две подписи. Заместитель Малиновского маршал Захаров подписал его в качестве начальника Генерального штаба армии, а сам Малиновский — нет. Малиновский был человеком Хрущева, выбранный им в 1957 году, вместо слишком независимого маршала Георгия Жукова. Хрущев не хотел терять контроль за принятием решений о применении ядерного оружия. Документ так никогда и не был санкционирован.
В дни, последовавшие за заявлением Кеннеди, его администрация тоже сползала к военной конфронтации в Карибском бассейне. 7 сентября, в конце дня, когда Хрущев подписал добро на поставку тактического оружия, пресс-служба Белого дома объявила, что Кеннеди потребовал призыва на военную службу 150 тысяч резервистов из американского боеготового резерва сроком на 12 месяцев. В письме вице-президенту Линдону Б Джонсону Кеннеди предложил проект указа об увеличении вооруженных сил США в связи с нынешним международным кризисом. Также 7 сентября Главнокомандующий американскими вооруженными силами в Атлантике адмирал Роберт Деннисон рекомендовал Объединенному комитету начальников штабов, чтобы в течение 5 дней 113 транспортных самолетов С-130 получили соответствующую маркировку для нападения на Кубу. Существовало два возможных сценария вторжения. В первом случае — Оперативный план 314 — предполагалось одновременно провести атаку с воздуха и с амфибий против западного побережья Кубы и высадку десанта в заливе Гуантанамо на восточном побережье острова. Другой план, более предпочтительный в сложившихся условиях, предусматривал модифицированный вариант первого. Согласно ему сначала на Кубу направлялись подразделения воздушно-десантных сил, затем осуществлялась высадка с амфибий. Командование ВВС в Атлантике считало необходимым иметь С-130 наготове, поскольку они были «незаменимы для операций с воздуха». При этом, естественно, не упоминалось, что десантники могут стать первыми военнослужащими США, которые погибнут при ядерном взрыве, ибо американское руководство даже не предполагало возможности использования тактических ядерных снарядов