Летописец прямо называет имя главного убийцы – Годунов.
Поскольку смерть царевича не могла не вызвать кривотолков, Борис, действительно, назначил сыскную комиссию, которая и была отправлена в Углич для розыску. Комиссия приехала в Углич 19 мая и первым же делом вызвала на допрос Михаила Нагого. Приезжих интересовали любопытные действия, которые были произведены в Угличе сразу после того, как распространилась весть о смерти Дмитрия. Почему сразу после этого Михаил приказал убить Михайлу Битяговского, его сына Данилу, Никиту Качалова, Данилу Третьякова, Осипа Волохова, посадских людей, слуг Битяговского и Волохова? Почему он велел собрать ножи, пищали, железную палицу, сабли и положить их на убитых людей? Почему тут же были собраны посадские и сельские люди? Почему Нагой заставил целовать крест и привел к присяге городского приказчика Русина Ракова и почему требовал от него давать заранее обговоренные показания? Все это записано в сыскном деле. Но удивительно, что комиссия начинает допрос Нагого, зная уже некие порочащие его факты, хотя она как бы только-только въехала в город и не видела ни тела царевича, ни места преступления! Следовательно, комиссия уже многое знала, ее перехватили по дороге и кое-что рассказали. И встретил эту комиссию не кто иной, как упомянутый Русин Раков. Свидетели, вызванные на допросы, путались и противоречили друг другу. Михаил Нагой говорил, —
«…что царевич зарезан Осипом Волоховым, Никитою Качаловым и Данилою Битяговским, что убийц побили черные люди, без его, Михайлова, приказа, что оружие на убитых положил Русин Раков сам, также без его ведома, и к присяге городового прикащика он, Михайла Нагой, не приводил».
Русин Раков потребовал позвать брата Михаила Григория Нагого и слугу Бориса Афанасьева. Те подтвердили: оружие положено по приказу Михаила. Вызвали сторожа дьячей избы Евдокима Михайлова, тот показал, что к нему приходил человек Михаила Тимофей, он принес с собой живую курицу, зарезал ее, этой кровью и вымазали оружие, которое потом положили на трупы убитых. Вызвали снова Бориса Афанасьева, но тот сказал, что Тимофей еще во вторник куда-то убежал. Тимофея так и не нашли. Дело запутывалось. Оказалось вдруг, что сам Михаил не видел, убили царевича или он сам себя зарезал. В момент смерти мальчика рядом его не было, а когда раздались крики, он решил сперва, что горит дворец. Григорий же упорно говорил, что мальчик сам накололся на нож, когда играл и упал в припадке, и у него припадки и прежде бывали. Сам он тоже не видел, прибежал позже, но царевич умер уже при них. Кормилица подтвердила, что мальчик умер у нее на руках. Андрей Нагой подтвердил, что сам он находился в доме и сидел за столом, когда вдруг закричали, что царевича зарезали. Сам он момента происшествия не видел, но знал, что мальчик играл с ребятами на заднем дворе, кидая ножик через черту. Вызвали мамку Волохову, та дала такие показания: