Со второй половины XVI в. старые братства каменщиков и их цеха находились уже в Англии в состоянии упадка: новый архитектурный стиль (Ренессанс), приходивший на смену готическому, менял условия труда и требовал знания новых приемов; в Англию выписывалось теперь много иностранных рабочих — французов, немцев, голландцев, оттеснявших местных каменщиков на задний план. Но в начале столетия масонские братства, по-видимому, полны еще жизни: в 1527 г. масоны города Норвича вместе с другими братствами принимали участие в церковных мистериях и разыгрывали библейскую историю о Каине и Авеле.
Тяжелый удар нанесла ремесленным братствам Реформация, открывшая поход против всех организаций, носивших церковный характер. В 1547 г. они были форменным образом запрещены парламентским актом. Многие братства с этого времени, несомненно, прекратили свое существование или растворились в цеховой организации, но масонские ложи оказались в числе организаций, выдержавших этот удар. Они перестали, правда, быть католическими братствами, церковные процессии и мистерии исчезли из их обихода, но церемонии приема, годичные банкеты и другие старые обычаи продолжали храниться в их среде, превратившись в прочную, не умирающую традицию.
В Шотландии все масонские ложи были подчинены в конце XVI в. заведовавшему казенными стройками чиновнику, получившему титул «Верховного надзирателя», или «Главного мастера масонов» (Principal Warden, or Chief Master of masons). В 1583 г. эту должность занял королевский придворный Уильям Шоу (Schaw), а в начале XVII в. она перешла к сэру Уильяму Сэн-Клэру, лорду Рослингскому. Кроме общего «надзирателя» в некоторых округах назначались еще местные «надзиратели и судьи масонов», обыкновенно из представителей местной знати. Так, в 1590 г. сэр Патрик Кэпланд, лорд Юдаутский был назначен «надзирателем масонов» в графствах Абердин, Бонф и Конкордин.
Упомянутый выше Шоу издал во время своего надзирательства два масонских устава (1598 и 1599 гг.) — один для всех шотландских лож вообще, другой специально для Кильвингской ложи. Из уставов этих видно, между прочим, что шотландские ложи располагались в то время по степени своей значительности в известном порядке: первой ложей считалась Эдинбургская, второй Кильвингская, третей Стэрлингская и т.д. Годичным праздником шотландских лож считали день Иоанна Богослова — 27 декабря. В этот день происходили общие собрания лож в присутствии всех братьев, одетых в белые фартуки и перчатки. На этих же собраниях производились выборы надзирателей