При подробном знакомстве с древними дискуссиями об ортодоксии и ереси становится ясно, что в борьбе с христианскими взглядами, которые считались искаженными, основными видами оружия протоортодоксов были клир, кредо и канон.
В отличие от некоторых других христианских групп, протоортодоксальные христиане считали, что в церкви должна быть жесткая иерархия, при которой одному главе, епископу, давалась бы власть над всем собранием. Епископу подчинялись священники более низкого ранга: старцы (пресвитеры), очевидно, непосредственно занимающиеся духовными нуждами собрания, и диаконы (буквально «служители»), заботящиеся в первую очередь о физических потребностях собрания — сборе подаяний и так далее. Уже к началу II века протоортодоксальный автор Игнатий Антиохийский мог громогласно заявлять, что членам церковной общины «на епископа должно смотреть, как на Самого Господа» (Игнатий, «Послание Ефесянам», 6.1).
Каждый, кто обладал столь значительной властью, наверняка мог распоряжаться в церкви, как ему заблагорассудится. Прочие христианские группы, например, многочисленные гностики, не были заинтересованы в централизации власти. Гностики утверждали, что в истинной церкви каждый носит в себе божественную искру и может обрести тайное знание, обещающее спасение. В итоге многие общины гностиков были эгалитарными. Но не протоортодоксальные. Двинувшись по пути, направление которого было намечено уже в пастырских посланиях, протоортодоксальные христиане утверждали, что им необходимо ответственное руководство, способное принимать решения. Многое зависело от того, какой человек оказывался на вершине власти. Протоортодоксы пользовались своим влиянием при любой возможности, следили за тем, чтобы с богословской точки зрения епископ не отклонялся от выбранного курса и в то же время бдительно следил за настроениями в церкви. Пример осуществления Серапионом подобной власти над Росской церковью приведен выше.