Однако, несмотря на все хорошие качества, устарел МБР-2 очень быстро. Уже к концу 1930-х годов командование авиации ВМФ не удовлетворяли его невысокие летные данные, прежде всего малая скорость, слабое оборонительное вооружение и небольшая бомбовая нагрузка.
В 1943 году с поступлением в ВВС флота новой авиатехники МБР-2 постепенно стали уходить на вторые роли. Но все же летающие лодки продолжали вести поиск немецких торпедных катеров, при этом предвечерний поиск «Шнелльботов» в пятидесятимильной зоне района Геленджик — Феодосия был задачей МБР-2 18-й эскадрильи, а «амбарчики» 119-го Морского разведывательного авиаполка вели ночной поиск в Керченском проливе. Эти меры снизили активность противника, так как немецкие торпедные катера, как правило, заблаговременно обнаруживались воздушной разведкой, что позволяло вовремя принимать необходимые контрмеры.
Бывало и так, что дело не ограничивалось одной разведкой. Например, 20 апреля МБР-2 из 119-го полка при ночном налете на Анапу потопили итальянский торпедный катер «MAS-574» из 4-й флотилии MAS. А 20 мая десять Ил-2 из 8-го и 47-го штурмовых авиаполков, а также четырнадцать МБР-2 из 119-го Морского разведывательного авиаполка атаковали немецкие торпедные катера в ста милях западнее Туапсе. В результате «Шнелльботы» S-49 и S-72 были подбиты, а их экипажи понесли потери[27].
Гидросамолетам МБР-2 приходилось встречаться в небе не только с «Мессершмиттами», но и вражескими гидросамолетами: немецкими «Арадо» и «Хейнкелями-59», румынскими «Савойями» и «Кантами». Из них наиболее опасными для «амбарчиков» были скоростные и имевшие мощное вооружение из трех пулеметов, двух 20-миллиметровых пушек гидропланы «Арадо» Аr-96.
Однако сейчас МБР-2 сошлись в неравной схватке с четырьмя дальними тяжелыми истребителями «Мессершмитт» Bf-11 °C-4. «Амбарчики» отстреливались от стервятников Геринга очередями из спаренных скорострельных пулеметов ШКАС. Одна спарка устанавливалась в носовой кабине штурмана, а вторая — на корме у стрелка-радиста. Турельные шкворневые установки обеспечивали неплохие секторы обстрела. Однако стрельбе мешал возвышающийся над фюзеляжем на стойках довольно массивный двигатель М-34НБ. «Амбарчики» огрызались короткими очередями, отгоняя «Мессершмитты-110», но те продолжали свои почти безнаказанные атаки…
Немецкая пропаганда утверждала, что группы «охотников» Bf-110 непобедимы, и не было никаких сомнений, что они смогут выполнить все поставленные перед ними Герингом и штабом Люфтваффе задачи. Однако командование, погнавшись за универсальностью «воздушного крейсера» Люфтваффе, в итоге получило самолет с весьма посредственными летными и тактическими данными. Единственным преимуществом «Мессершмитта-110» была большая, чем обычная, дальность полета. Этим все его хорошие стороны и заканчивались. Уже к моменту нападения на Советский Союз эти двухмоторные самолеты не были такой грозной силой, как стремительные и скоростные «Мессершмитты-109».