Отмечались случаи, когда отдельные командиры использовали силы заградотрядов в качестве строевых частей.
Так, заградительный отряд 29-й армии Западного фронта, будучи в оперативном подчинении у командира 246-й стрелковой дивизии, использовался как строевая часть. Принимая участие в одной из атак, отряд из 118 человек личного состава потерял убитыми и ранеными 109 человек, в связи с чем заново формировался.
Как свидетельствуют многие участники войны, заградотряды существовали не везде. По утверждению Маршала Советского Союза Д.Т.Язова, они вообще отсутствовали на ряде фронтов, действовавших на северном и северо-западном направлениях.
Не выдерживают критики и версии, будто заградотряды «караулили» штрафные части. Командир роты 8-го отдельного штрафного батальона 1-го Белорусского фронта полковник в отставке А.В.Пыльцын, воевавший с 1943 года до самой Победы, утверждал:
«За нашим батальоном ни при каких обстоятельствах не было никаких заградотрядов, не применялись и другие устрашающие меры. Просто в этом никогда не возникало такой нужды».
Известный писатель, Герой Советского Союза, армейский разведчик, полковник В.В.Карпов, воевавший в 45-й отдельной штрафной роте на Калининском фронте, также отрицает присутствие заградотрядов за боевыми порядками их части.
Что касается преступников, то к ним применялись самые суровые меры, диктуемые реалиями обстановки. Это касалось дезертиров, перебежчиков, мнимых больных, членовредителей, так называемых «самострелов». Доводилась информация до личного состава, и расстреливали таких преступников перед строем. Но решение о приведении в исполнение этой крайней меры принимал не командир заградотряда, не особист или смершевец, а военный трибунал дивизии (не ниже) или, в отдельных, заранее оговоренных случаях, начальник особого отдела армии.
По рассказам очевидцев – ветеранов военной контрразведки, Абакумов В.С., выезжая для оказания помощи фронтовым управлениям особых отделов, а потом и СМЕРШ, внимательно относился к вопросам заградотрядов. Требовал от руководителей фронтового и армейского звена больше уделять внимания функциям качественной фильтрации заградотрядами появившихся в тылах подозрительных лиц с целью разоблачения возможно проникшей вражеской агентуры.
Это тоже была одна из основных задач заградительных отрядов.