Арест Туполева не остался незамеченным: по Москве поползли слухи о якобы совершенных им преступлениях. Говорили, что перед вылетом АНТ- 25 в Америку Туполев упрятал в лонжероны чертежи самолета, а затем продал их в Германию Мессершмитту, но американским секретным службам чертежи удалось вернуть. Подобные домыслы распространялись вплоть до 60-х годов, несмотря даже на такие доводы: ведь комплект чертежей самолета весил от 500 до 800 кг, и с таким весом АНТ-25 по тем временам ни за что не долетел бы до США. Достаточно вспомнить, что Громов вынужден был демонтировать с самолета даже аварийно-спасательное оборудование. Кроме того, работа по чертежам, выполненным советскими конструкторами, даже на советских заводах требовала применения соответствующих инструментов и оборудования. Наконец, вряд ли в 1937 году кто бы то ни было пытался улучшить собственные технологии при помощи устаревших чертежей, разработанных еще в 1932 году. Вскоре после ареста Туполева среди заключенных Бутырской тюрьмы оказалась и его жена Юлия. Ей суждено было выйти на свободу лишь весной 1940 года, спустя два года и четыре месяца. Пока родители находились в заключении, за детьми Туполевых – Алексеем и Юлей – присматривали друзья.
Очень скоро Сталин и глава его секретной службы Берия поняли, что развитие авиационной промышленности, как и многих других отраслей, по сути дела, застопорилось. Было решено создать в тюрьмах и лагерях конструкторские бюро и исследовательские организации. Для этого в одной тюрьме сосредоточивали специалистов в области кораблестроения, химии, авиации, бронетанковой техники, артиллерии и т.д. Так появилось на свет Центральное конструкторское бюро № 29 Народного комиссариата внутренних дел, где работой над авиационными проектами занималось свыше 150 ведущих специалистов отрасли.
Тому, кто не жил в Советском Союзе в то время, непросто понять, как могло случиться, что репрессированные государственной машиной люди могли согласиться в таких условиях работать на то же самое государство. Вероятнее всего, здесь играли свою роль такие факторы, как патриотизм, надвигавшаяся война, страх за оставшихся на свободе членов семей и товарищей, наконец, сами условия лагерного существования. Туполева, давшего согласие работать в ЦКБ № 29, переводят в Болшевскую тюрьму под Москвой, где уже находится много специалистов-авиаторов. Соглашаясь на работу в заключении, Туполев выдвинул свои условия: ему передают письмо от жены, а детям разрешают жить с няней дома на Каляевской. Власти удовлетворяют требования Туполева, и поздней осенью 1938 года он переводится из Бутырки в Болшево. Здесь Андрей Николаевич возглавляет группу, работающую над проектом «103»: это пикирующий бомбардировщик АНТ-58, позднее переименованный в Ту-2. В тот же период в Болшеве работает еще несколько групп: 101-м проектом занимается группа Мясищева, проектом «100» – группа Петлякова, проект «110» возглавляет Томашевский. Здесь находятся и другие репрессированные деятели авиационной промышленности: Королев, Румер, Сциллард, Некрасов, а также директора крупнейших авиазаводов. Среди тех, кто занимался проектом «103», был и Георгий Френкель, отчим одного из авторов этой книги – Андрея Кандалова. 10 ноября 1938 года Туполев встречает в Болшевской тюрьме свой пятидесятилетний юбилей.