Бок о бок с заключенными в конструкторском бюро и на заводе ежедневно работало много «гражданских», т.е. не заключенных. Большинство «гражданских» относилось к арестованным не как к «врагам народа», а как к товарищам по несчастью. Многие, рискуя собственной свободой, по мере сил помогали репрессированным. Заключенные конструкторы постоянно находились под охраной конвойных, и это, конечно, не способствовало эффективной работе. Специалисты, находящиеся в тюремных условиях, были лишены доступа к информации, в том числе имевшей непосредственное отношение к их работе. Поскольку это серьезно ограничивало их возможности, решено было обратиться в НКВД с просьбой разрешить поездки на ряд авиазаводов, однако, несмотря на то что потребность в таких выездах была очевидной, НКВД решился на организацию всего одной поездки.
Коллектив завода встретил заключенных с огромной теплотой. В результате органы сочли, что безопаснее будет обеспечивать конструкторов нужной информацией, а не вывозить их на другие предприятия. Не разбирающиеся в технике сотрудники НКВД зачастую путали данные, и пользы от такой информации было мало. Более того, передача необходимых сведений часто поручалась сотрудникам НКВД, не имевшим даже среднего образования, не говоря уже о технических знаниях.
Несмотря ни на какие трудности, Туполев спустя некоторое время ставит вопрос о представлении 103-го проекта комиссии ВВС. Комиссия утверждает проект, и на 156-м заводе строится опытный образец АНТ-58 (Ту-2), который перевозят на Чкаловский (тогда – Щелковский) аэродром под Москвой. Здесь 22 декабря 1940 года летчик Михаил Нюхтиков впервые поднимает новую машину в воздух. ВВС испытывают самолет с декабря 1940-го по июнь 1941 года.
Вывод военного командования однозначен: самолет превосходит Пе-2 по скорости и бомбовой нагрузке, оборонительному вооружению и маневренности.
Вторая мировая война (Великая Отечественная) началась для Советского Союза 22 июня 1941 года. Уже через месяц после начала боевых действий, несмотря на решение Верховного суда от 28 мая 1940 года, принятое в закрытом заседании без рассмотрения дела и определившее Андрею Николаевичу меру наказания в виде пятнадцати лет исправительных работ (решение окончательное и обжалованию не подлежит!), Туполев оказывается на свободе. 9 июля 1941 года Туполев и двадцать его товарищей по тюрьме были помилованы. Президиум Верховного суда СССР в специальном постановлении объявляет о помиловании и отменяет вынесенные им приговоры.
Но до официальной реабилитации еще далеко. Лишь на XX партийном съезде в 1956 году, где Хрущев обвиняет своего предшественника Сталина в преступлениях, совершенных в период 1935-1941 и 1945-1953 гг., Туполев полностью реабилитирован и восстановлен в правах.