Идеологической опорой колониального господства Испании была католическая религия. В течение всего колониального периода католическая церковь, превратившаяся в руках инквизиции в самое страшное орудие испанского абсолютизма и колониального владычества, сохраняла безраздельное господство над умами людей. Она крепко держала в своих руках просвещение и общественную мысль, в том числе и философию, препятствуя их свободному развитию. Лишь в конце XVIII — начале XIX в. под влиянием французской буржуазной революции 1789 г. и войны за независимость в Латинской Америке 1810–1826 гг. на Кубе начинается процесс освобождения философии из оков теологии. Несмотря на все препятствия, чинимые колониальными и церковными властями, на остров проникают из Европы прогрессивные идеи философии и естествознания.
В 1797 г. публикуется первое на Кубе философское произведение — «Избранная философия» Хосе Агустина Кабальеро (1767–1835), в котором содержался протест против засилья схоластики и призыв к изучению физики, химии, анатомии. Более решительным оказался его последователь Феликс Варела, впервые осуществивший на Кубе, в семинарии Сан-Карлос, реформу в преподавании философии; в результате этой реформы схоластика была упразднена, а философия получила право на самостоятельное существование, освободившись от незавидной роли служанки теологии. Ф. Варела написал ряд философских работ, в том числе «Философскую смесь», в которых отстаивал опыт, разум, науку как единственные достоверные источники знания об окружающем нас мире в противовес схоластике, которая «отвернулась от реальной жизни». Линию Варелы продолжил Хосе де ла Лус-и-Кабальеро, утверждавший в основном с материалистических позиций эмпиризм и сенсуализм как основополагающие принципы научного метода познания. В 1838–1839 гг. он написал полемическое произведение «Вопрос о методе», направленное против спиритуализма, видными представителями которого были братья Хосе и Мануэль Сакариас Гонсалес дель Валье. Эта полемика рельефно отразила борьбу двух основных направлений в кубинской философии XIX в.: складывающегося и еще не свободного от теологической непоследовательности материализма, с одной стороны, и спиритуализма, выступившего в роли хранителя и продолжателя традиций средневековой схоластики, — с другой.
Борьба идей в философии непосредственно была связана с политикой. Спиритуализм в тесном союзе с католицизмом поддерживал и оправдывал колониальный гнет, в то время как Варела и Лус выступали против рабства, за независимость Кубы. Их передовые философские и политические идеи сыграли важную роль в идеологическом обосновании необходимости и справедливости национально-освободительной борьбы кубинского народа, переросшей во второй половине XIX в. в открытую войну против Испании.