После всесоюзного успеха и признания проекта санатория РККА служебная карьера М.И. Мержанова резко пошла вверх. В июне 1931 г., с согласия И.В.Сталина, он был назначен главным архитектором Архитектурно-проектной мастерской Хозотдела ЦИК СССР. Однако с данного отрезка времени он был вынужден заниматься в большей степени административной работой, нежели собственным творчеством. В обязанности Мержанова, как руководителя мастерской, входило тщательное отслеживание огромного количества конкурсных и внеконкурсных проектов дач, гостиниц, домов отдыха, поликлиник и санаториев ЦИК СССР, поступающих от маститых и начинающих архитекторов. Кроме монотонной бюрократической работы, которая зачастую зависела от прихотей руководства Хозотдела-ХОЗУ ЦИК СССР, а не его личных вкусов и знаний, Мержанов успевал заниматься и созданием проектов зданий для Политбюро ЦК ВКП(б).
Кроме прочего, в 1932 г. был основан единый Союз архитекторов СССР. Мержанов стал одним из тех, кто стоял у истоков создания новой организации, а некоторое время спустя возглавил Правление фонда Союза архитекторов. В 1932 году Мержанов одновременно начинает курировать два проекта: дом отдыха ЦИК на Холодной речке и дом отдыха ЦИК «Бочаров ручей» (это первое здание, достроенное после ВОВ и ставшее с апреля 1946 года госдачей №17, строилось в период с 1932 по 1934 год, но с 1938 года перешло в ведение ГУГБ НКВД).
Как уже отмечалось, М.И. Мержанов выполняет со своими учениками и коллегами (в мастерской кроме архитектора работают инженеры-технологи, инженеры-конструкторы, художники по интерьерам, специалисты по противопожарным системам, геоподоснове и канализации и т. д.) проект комплекса зданий в п. Холодная речка, а внутреннее убранство помещений, подбор материалов для отделки выполняет архитектор Андрей Константинович Буров – выдающийся дизайнер своего времени. В настоящее время установлено, что М.И. Мержанов выполнил до конца два проекта зданий, которые и ныне стоят на Холодной речке. Первый проект от 1932 года – здание дома отдыха ЦИК «Холодна речка», а вторым проектом стал гостевой дом для высокопоставленных партийных функционеров, построенный в 1935 году.
Летом 1933 г. М. Мержанов получает очередное распоряжение от ХОЗУ ЦИК (руководитель с 1926 по 1938 год Н.И. Пахомов) на проектирование загородной правительственной резиденции для И.В. Сталина в д. Волынское (так называемой «Ближней дачи»; построена в 1934 г.). Тогда молодого архитектора Мержанова еще не представили вождю, и, выполняя совсекретный проект, автор опирался не столько на вкусы заказчика, сколько на собственную интуицию и рекомендации начальника Оперода ОГПУ К.В. Паукера.