Папа, колеблющийся, медлительный, нерешительный, не зная, как отнестись к самоуправству Филиппа, пытался умерить священный пыл судей, затянуть следствие и предоставить папской курии последнее решающее слово об участи подсудимых и об их имуществе. Но всегда находчивый король имел достаточно средств, чтобы склонить к уступчивости. Во множестве разбрасывались подложные прошения от народа к королю об уничтожении ереси тамплиеров. Общественное мнение решительно восстало против папы. Филипп напомнил ему также об обещании, данном Климентом V при вступлении на папский престол, а именно по смерти предать бесчестию имя Бонифация VIII, гордого, страстного церковного владыки, властолюбие и алчность которого некогда привели к восстанию князей и народов, — и безжалостно требовал исполнения позорного обязательства. Нерешительность и колебания папы он назвал изменой католичеству, ревностным защитником которого величаво объявлял себя этот лицемерный монарх.
Беспомощный, не зная, на что решиться, чувствуя себя глубоко униженным и опозоренным, Климент вынужден был наконец прекратить свое безуспешное сопротивление. Чтобы спасти память своего предшественника от неизбежного позора и не ослабить еще более уже и без того сильно пошатнувшейся веры в авторитет церкви, он сделался соучастником неслыханного судебного преступления.
Ужасное зрелище: «Светская власть, бывшая некогда в подчинении, становится вдруг соучастницей церковной инквизиции, приставляет к горлу своей ослабевшей повелительницы — духовной иерархии, служившей прежде ее интересам, меч и принуждает ее признать законной несправедливость, которую она совершает над ней вместе с нею». 12 августа 1308 г. была издана булла Fadens misericordiam, повелевшая всем духовным и светским князьям возбудить судебное преследование против всех тамплиеров. Тот, кто вздумал бы не выполнить этого требования, должен был подвергнуться изгнанию и церковным карам. Руководством при открытии инквизиционного судилища служил приложенный к делу перечень из 127 вопросов, составленных на основании якобы неоспоримых заключений парижского следствия.
Главный процесс велся комиссией, назначенной самим Климентом из числа наиболее уважаемых французских прелатов в Париже. 540 тамплиеров ожидали приговора. Много месяцев тянулось следствие, прежде чем судьи — сравнительно мягкие, честные и для той мрачной эпохи довольно просвещенные люди, которые при несколько более обширных полномочиях несомненно спасли бы орден, — вынесли единогласный приговор; дело в том, что большинство осужденных смело заявили, что их прежние показания и признания были вынуждены пытками, угрозами и обещаниями, и, энергично протестуя против взводимых на них обвинений, красноречиво выражали свое негодование по поводу ужасной клеветы. В это время комиссары были поражены вестью, что 12 мая (1310) 54 тамплиера, которых провинциальный собор в Сеисе предал проклятию как рецидивистов, сожжены на костре.