Ряд историков утверждает, что все свидетельские показания были получены под действием угроз. Факт жестоких преследований жителей Углича засвидетельствован многими источниками. Но репрессии на самом деле имели место не в дни работы следственной комиссии Шуйского, а много месяцев спустя. Комиссия же не преследовала своих свидетелей. Исключение составил лишь один случай, зафиксированный в следственных материалах. «У распросу на дворе перед князем Василием» слуга Битяговского «изымал» царицына конюха и обвинил его в краже вещей дьяка Битяговского. Эти обвинения подтвердились, и конюха с сыном взяли под стражу. На том и закончились все репрессии угличан в дни следствия.
Нарисованная следствием картина гибели царевича Димитрия была на редкость полна и достоверна. Расследование практически не оставило места для неясных вопросов.
Наши историки традиционно опускают факт осмотра комиссией тела убитого царевича. А, между прочим, члены комиссии, сразу же по прибытии в Углич 19 мая первым делом отправились в Спасо-Преображенский собор. Их сопровождала мать, родные царевича и «все добрые граждане». Нагие подсуетились и подложили на тело Димитрия окровавленный нож. Василий Шуйский лично, в присутствии десятков людей, собравшихся в соборе, брезгливо отложив нож в сторону, внимательно рассматривал лицо ребенка, а затем его рану на гортани.
В субботу 22 мая в Спасо-Преображенском соборе митрополит Геласий совершил отпевание и со всеми подобающими царевичу почестями предал его тело погребению в этом же храме, который еще в удельное время служил усыпальницей углических князей.
Обратим внимание, труп ребенка восемь дней лежал на открытом воздухе, а это по новому стилю с 25 мая по 1 июня, причем, по данным следственного дела погода была жаркая, вскрытия тела и бальзамирования не проводилось. Риторический вопрос, что будет с трупом за восемь дней? Теперь предположим, что тело царевича пусть не благоухало, но, по крайне мере, не воняло. Это, естественно, должно было заинтересовать и Геласия, и местное духовенство, и найти какое-то отражение в следствии. Но, увы, тело разлагалось самым естественным образом.
Результаты следствия в Угличе были рассмотрены 2 июня 1591 г. на церковном соборе в Москве. Собор единодушно утвердил приговор: «…царевицю Дмитрею смерть учинилась божьим судом».
На основании патриаршего приговора царь Федор приказал схватить Нагих и угличан, «которые в деле объявились», и доставить их в Москву.
Собственно на этом углическая история и закончилась.
О смерти царевича Димитрия все забыли, тем более что в сентябре 1591 г. царица Ирина вновь понесла. На сей раз ей удалось доносить ребенка. Если бы ей удалось родить здорового сына, то об инциденте в Угличе в многотомной «Истории России» Соловьева остался бы один абзац. Но, увы, 26 мая 1592 г. у царя Федора родилась дочь, названная Федосьей. Она часто болела и умерла 25 января 1594 г. Через несколько лет и ее сделают жертвой «коварного» Бориса.