Семен Ляпунов и его дети Илья Большой и Илья Меньшой стали дворянами рязанских князей Василия Ивановича, правившего с 1464 г. по 1483 г., его сына Ивана (1483–1500 гг.) и внука Ивана. Но в 1519 г. рязанский князь Иван Иванович был вызван в Москву великим князем Василием III и посажен в тюрьму. Правда, в августе 1521 г. Ивану Ивановичу удалось бежать в Литву, но с независимостью Рязанского княжества было покончено навсегда.
Ряд историков XIX–XX вв. считали, что Ляпуновы были худородными дворянами, получившими дворянство в начале XVI в. и лишь в конце XVII в. написавшие себе родословную, восходившую к князю Дмитрию Галицкому. Получается любопытная ситуация — официальные историки слепо верят, что от простого дружинника Ивана Кобылы, который в летописи упомянут всего один раз, пошли несколько десятков знатных родов, включая Романовых, а вот Ляпуновых без всякого основания объявляют самозванцами. На мой взгляд, придумать столь логичную и исторически грамотную родословную в XVII в. не по силам было даже дьякам посольского приказа, а не то что провинциалам дворянам Ляпуновым.
Служба удельным рязанским князьям практически ничего не дала Ляпуновым. Они не получили вотчин и не стали рязанскими боярами. Видимо, это связано с консерватизмом древних рязанских боярских родов, не желавших пускать чужаков в свою среду.
Первое упоминание о Ляпуновых на московской службе относится к 50-м годам XVI в. В это время велась «Дворовая тетрадь» — список состава государева двора царя Ивана IV. В ней среди так называемого «выбора» по Рязани записаны отец и дядя Прокопия — Иов и Петр Ляпуновы дети Ильина. Илья — это уже упомянутый выше Илья Большой, сын переехавшего в Рязань Семена.
Затем Ляпуновы встречаются в грамоте 1560/61 г. В ней Иов и Петр Ляпуновы дети Ильина упоминаются как «послухи» (свидетели) совершенной сделки. Под 1582/83 годом Петр Ляпунов упоминается в разрядах в качестве воеводы в Чебоксарах.
Мы не встретим фамилии Ляпуновых в списках пострадавших от террора Ивана Грозного. Зато во второй половине XVI в. мы видим возрастание агрессивной активности этого рода. У Петра Ильича Ляпунова было пять сыновей: Александр, Григорий, Прокопий, Захарий и Семен. Александр активно способствовал всесильному в последние годы царствования Ивана Грозного дьяку Андрею Шерефединову в «насильном завладении» им вотчиной рода Шиловских селом Шилово. Замечу, что действовали они тогда в союзе с боярами Шуйскими.
После смерти Грозного рязанские дворяне Ляпуновы и Кикины выступили в роли заводчиков в бунте в Москве 2 апреля 1584 г., направленного против боярина Богдана Вельского. И опять Ляпуновы выступали союзниками Шуйских.