Было еще сильное, но бесполезное сопротивление в двух местах. Стрелецкий голова Василий Гаютин, дьяк Анфиноген Голенищев, Василий Орлов и казачий атаман Тимофей Шаров с отрядом из сорока казаков решились защищаться до последнего. Шведы уговаривали их сдаться, но они предпочли погибнуть за православную веру. Софийский протопоп Аммос заперся на своем дворе с несколькими новгородцами, они долго отбивались от шведов, перебив многих из них. Аммос был в это время под запрещением у митрополита Исидора. Митрополит служил молебен на городской стене, видел подвиг Аммоса, заочно простил и благословил его. Шведы, озлобленные сопротивлением, подожгли двор протопопа, и он погиб в пламени со своими товарищами: ни один не отдался живой в руки шведам.
Это были последние защитники Новгорода. Митрополит Исидор и князь Одоевский, видя, что ратных людей нет в городе, послали договариваться с Делагарди. Первым условием была присяга новгородцев шведскому королевичу. Делагарди со своей стороны обязался не разорять Новгород и был пущен в кремль. До прибытия королевича новгородцы должны были повиноваться Делагарди.
В находившемся рядом Пскове царило безвластие. Но, как говориться, свято место пусто не бывает. 23 марта 1611 г. в Ивангороде появился «вор» Сидорка, назвавшийся царевичем Димитрием (Лжедмитрий III). Самозванец рассказал горожанам, что он якобы не был убит в Калуге, а «чудесно спасся» от смерти. В Ивангороде на радостях три дня звонили в колокола и палили из пушек.
Лжедмитрий III вступил в переговоры со шведским комендантом Нарвы Филиппом Шедингом. Когда шведский король узнал из донесения Шединга о явлении спасенного Димитрия, то направил в Ивангород своего посла Петрея, в свое время бывшего в Москве и видевшего Лжедмитрия I. Прибыв в Ивангород, Петрей увидел перед собой явного проходимца, после чего шведы прекратили всякие контакты с ним.
Идея возвести на престол шведского королевича вызвала яростное сопротивление казаков. Им куда интереснее было иметь на престоле своего царя, например, того же «воренка» с регентом Заруцким или даже самого Заруцкого. А поведение шведов в Новгороде давало возможность взыграть «патриотическим чувствам казачества».
Не меньшее раздражение казачества вызвали и попытки Ляпунова наладить хоть какое-то подобие дисциплины в ополчении. Воровские казаки из ополчения грабили села и города в ближнем и дальнем Подмосковье с не меньшей жестокостью, чем запорожцы или частные армии польских панов.
Возмущенный грабежами и убийствами мирных граждан воевода Матвей Плещеев поймал 28 казаков и велел их утопить. Однако подоспевшие их товарищи отбили осужденных. Мало того, казаки собрали круг и начали высказывать претензии руководству ополчения. Ляпунов разгневался, решил покинуть лагерь ополчения и уехать в Рязань. По приказу Заруцкого казаки нагнали его у Симонова монастыря и уговорили остаться. Заруцкий боялся, что в Рязани Ляпунов начнет сбор нового и уже однородного дворянского ополчения.